Junho 2014 - R-br - DINF UFPR

Instalar pacote rgl
by Andre Oliveira 23 Jun '14

23 Jun '14

Pessoal é uma coisa simples, mas depois de esgotar minhas pesquisas resolvi postar na lista. Coloquei o Ubuntu 14.04 aqui e resolvi instalar o Rcmdr instalou, mas requer o pacote rgl que nunca consigo instalar o mesmo. Olha minhas tentativas install.packages("rgl") Installing package into ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1’ (as ‘lib’ is unspecified) tentando a URL 'http://brieger.esalq.usp.br/CRAN/src/contrib/rgl_0.93.996.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 1756512 bytes (1.7 Mb) URL aberta ================================================== downloaded 1.7 Mb * installing *source* package ‘rgl’ ... ** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for gcc... gcc -std=gnu99 checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99 checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed checking whether __attribute__((visibility())) is supported... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -fvisibility... yes checking whether accepts -fvisibility... no checking for libpng-config... yes configure: using libpng-config configure: using libpng dynamic linkage checking for X... no configure: error: X11 not found but required, configure aborted. ERROR: configuration failed for package ‘rgl’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/rgl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpHgKsb1/downloaded_packages’ Mensagens de aviso perdidas: In install.packages("rgl") : installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ andre@andre-Aspire-5920:~/Área de Trabalho$ ls rgl_0.93.996.tar.gz andre@andre-Aspire-5920:~/Área de Trabalho$ R CMD INSTALL rgl_0.93.996.tar.gz * installing to library ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1’ * installing *source* package ‘rgl’ ... ** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for gcc... gcc -std=gnu99 checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99 checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed checking whether __attribute__((visibility())) is supported... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -fvisibility... yes checking whether accepts -fvisibility... no checking for libpng-config... yes configure: using libpng-config configure: using libpng dynamic linkage checking for X... no configure: error: X11 not found but required, configure aborted. ERROR: configuration failed for package ‘rgl’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/rgl’ Esta ali uma mensagem de erro comum nas duas tentativas X11. Suspeitei que devo instalar algum pacote no linux para resolver. Alguém tem alguma dica? obrigado André Oliveira Souza

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Re: [R-br] EMV
by Walmes Zeviani 23 Jun '14

23 Jun '14

Ana Paula, A optim() otimiza qualquer função. Nem precisa ser uma função de verossimilhança. Ela pode ser usada para definir delineamentos ótimos, máximo de funções como curvas de lactação, enfim, serve à propósitos gerais. Sendo assim, depende do usuário escrever a função objetivo e passar. Abaixo seguem exemplos da gama com a optim() e da weibull com optim(), nlm(), survival::survreg() e bbmle::mle2(). ##----------------------------------------------------------------------------- ## Gama. n <- 100; shape <- 5; scale <- 3 curve(dgamma(x, shape, scale), 0, 10) y <- rgamma(n, shape=shape, scale=scale) ll <- function(theta, y){ sum(dgamma(y, shape=theta[1], scale=theta[2], log=TRUE)) } start <- c(5,3) op <- optim(start, fn=ll, y=y, hessian=TRUE, method="BFGS", control=list(fnscale=-1)) op$par op$value op$hessian ##----------------------------------------------------------------------------- ## Weibull. n <- 100; shape <- 5; scale <- 3 curve(dweibull(x, shape, scale), 0, 10) y <- rweibull(n, shape=shape, scale=scale) ll <- function(theta, y){ sum(dweibull(y, shape=theta[1], scale=theta[2], log=TRUE)) } start <- c(5,3) op <- optim(start, fn=ll, y=y, hessian=TRUE, method="BFGS", control=list(fnscale=-1)) op$par op$value op$hessian ##----------------------------------------------------------------------------- ## Usando a nlm (só minimiza). ll <- function(theta, y){ -sum(dweibull(y, shape=theta[1], scale=theta[2], log=TRUE)) } start <- c(5,3) op <- nlm(p=start, f=ll, y=y, hessian=TRUE) op ##----------------------------------------------------------------------------- ## Usando a survreg (para a gama seria a glm(..., family=gamma)). require(survival) m0 <- survreg(Surv(time=y)~1, dist="weibull") summary(m0) exp(coef(m0)) ## = scale. 1/m0$scale ## = shape. ##----------------------------------------------------------------------------- ## Usando a bblme. require(bbmle) ## Forma de especificar I. ml0 <- mle2(y~dweibull(shape=sh, scale=sc), start=list(sh=5, sc=3), data=list(y=y)) class(ml0) ## Vantagem é a disponibilidade de métodos. summary(ml0) vcov(ml0) plot(profile(ml0)) confint(ml0) confint(ml0, method="quad") ## Forma de específicar II. ll <- function(shape, scale, y){ -sum(dweibull(y, shape=shape, scale=scale, log=TRUE)) } start <- list("shape"=5, "scale"=3) ml1 <- mle2(minuslogl=ll, start=start, method="BFGS", data=list(y=y)) summary(ml1) vcov(ml1) plot(profile(ml1)) confint(ml1) confint(ml1, method="quad") ##----------------------------------------------------------------------------- À disposição Walmes.

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Atlas blas no ubuntu
by Luis Iván Ortiz Valencia 23 Jun '14

23 Jun '14

Bom dia Estou interessado em instalar o Atlas Blas no computador com linux ubuntu onde posso obter os passos para tal procedimento? obrigado Ivan

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Pacote lcmm: Estimação de variância do resíduo em modelo de mistura com duas classes
by Felipe Buchbinder 22 Jun '14

22 Jun '14

Prezados, Estou utilizando a função hlme do pacote lcmm para estimar um modelo RMM (*Regression Mixture Model*) com duas classes latentes. Eu gostaria que a função estimasse as variâncias dos resíduos separadamente para cada classe. Porém, o output contém uma única linha para variância dos resíduos. Exemplo: > rmm <- hlme(y ~ x + x2, ng = 2, mixture = y ~ x + x2, subject = 'ID',data = data) > summary(rmm) Fixed effects in the longitudinal model: coef Se Wald p-value intercept class1 -2.26113 0.78246 -2.890 0.00386 intercept class2 0.93273 0.78247 1.192 0.23324 x class1 1.40524 0.32679 4.300 0.00002 x class2 2.09610 0.32679 6.414 0.00000 x2 class1 0.07210 0.02895 2.490 0.01276 x2 class2 0.09123 0.02895 3.151 0.00163 coef se Residual standard error: 0.9408319 0.105216 Como é possível estimar variâncias dos resíduos específicas para cada classe latente? Obrigado! Felipe Buchbinder

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Plotar objeto polylist pacote spdep
by Helder Gramacho 20 Jun '14

20 Jun '14

Boa noite pessoal, Estou praticando o tutorial sobre o pacote spdep e modelos de regressão espacial disponível no link: http://wiki.dpi.inpe.br/lib/exe/fetch.php?id=materiais_para_leitura_e_tutor… O tutorial utiliza o dataset columbus, o qual possui um objeto polys que é da classe polylist e que possui 49 poligonos. Numa determinada etapa do tutorial é utilizado o comando plot para exibir os poligonos: ### <code r> library(spdep) data(columbus) plot(polys) plot(polys,bbs,border="grey") ### </code> entretanto quando executo aparecem os seguintes erros: > plot(polys) Error in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) : 'x' is a list, but does not have components 'x' and 'y' > plot(polys,bbs,border="grey") # não funciona Error in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) : 'x' and 'y' lengths differ Alguém sabe o que pode estar acontecendo, e como corrigir? Desde já agradeço, *Hélder Gramacho * Recife-PE / *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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salvando gráfico
by Aline Lipsky 20 Jun '14

20 Jun '14

Boa tarde prezados colegas, Estou tentando salvar um gráfico com o seguinte comando: jpeg("Figura1.jpg") par(cex.lab = 0.8, cex.axis = 0.8, "usr", cex.main = 1.2, font.main=4)taxacaptura <- tabela3[,9]names(taxacaptura) <- rownames(tabela3)taxacaptura <- taxacaptura [-26]taxacaptura <- sort (taxacaptura, decreasing = TRUE) figura.1 <- barplot(sort( tabela3[1:25,9], decreasing=TRUE), width = 0.4,beside=TRUE, ylab="Taxa de desembarque (t/desembarque)", col = "deepskyblue4", ylim=c(0,10), font.main = par ("font.main"), cex.axis=par("cex.axis"), cex.lab=par("cex.lab"), border=NA, names.arg = NA) axis(1, labels = FALSE, lwd.ticks = 0) # criar uma linha no eixo x sem os riscados (ticks)text(figura.1, par("usr")[3], srt=45, cex = 0.75, lab = names(taxacaptura) , adj = 1.1, xpd=NA, cex.axis = 0.4) dev.off() Quando insiro a imagem no word ela aparece em branco. O que posso fazer para solucionar esse problema? Grata pela atenção, Aline

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Predição lenta - Interpolação Kriging
by Thiago Cesar Lima Silveira 20 Jun '14

20 Jun '14

Bom dia pessoal, Espero que possam me ajudar. Entro em contato para pedir uma ajuda em uma interpolação que estou tentando fazer. Já usei o mesmos comandos abaixo para realizar interpolações de variáveis de um lago por ordinary kriging com 240 pontos, sem problemas. Agora estou tentando interpolar a batimetria do lago, para tanto criei pontos no limite do lago com valor zero, cerca de 1200 pontos. Usando a mesma metodologia, a predição “predict( )" para o grid passa de 3 horas e não tive paciência para esperar mais, visto que as outras vezes que usei a predição para o grid demorou cerca de 2 minutos para 240 pontos interpolados. Imagino que a quantidade de pontos seja o problema. Alguém teria alguma sugestão de caminho que tivesse menos custo computacional, pois acho que a quantidade de pontos seja o problema. Agradeço desde já a atenção. Segue abaixo os comandos utilizados: >library(geoR) >library(raster) >library(gstat) >library(rgdal) >interpol_pcsand<-data_interpol[,c(1,2,6)] >coordinates(interpol_pcsand)<- ~long+lat #setting the CRS for the geospatial data, same as the mask and grid >projection(interpol_pcsand)<-'+proj=utm +zone=22 +south +ellps=aust_SA +units=m +no_defs ' #search for duplicated coords >dup.coords(interpol_pcsand$coords) #Creating a gstat object >g_pcsand <- gstat(id="pcsand", formula=pcsand ~ 1, data=interpol_pcsand) # variogram with eye ball fitting > v.eye_sand <- eyefit(variog(as.geodata(interpol_pcsand["pcsand"]), max.dist = 20000)) #saving a readable file for gstat >ve.fit <- as.vgm.variomodel(v.eye[[1]]) #updating the gstat object >g_pcsand <- gstat(g_pcsand, id="pcsand", model=ve.fit_pcsand ) #predicting to new data # grid4 diemensions - #features : 1630464 #extent : 468333.3, 499983.3, 6634933, 6681223 (xmin, xmax, ymin, ymax) #coord. ref. : +proj=utm +zone=22 +south +ellps=aust_SA +units=m +no_defs >p_pcsand <- predict(g_pcsand, model=ve.fit_pcsand , newdata=grid4) #write a raster with the interpolated matrix rasterpcsand_pred <- rasterFromXYZ(as.data.frame(p_pcsand)[, c("x", "y", "data.pred")]) #Create raster tif file >writeRaster(raster, filename="raster.tif", overwrite=TRUE) _________________________________ Thiago Cesar Lima Silveira PhD candidate - Zoology PUCRS - Brazil Visitor PhD. student - School of Ocean Sciences - Bangor University Building Westbury Mouth Room Nautilus 327 Menai Bridge - Isle of Anglesey - UK Telephone.: 07843 115244 e-mail: thiago.cesar(a)acad.pucrs.br CV: http://lattes.cnpq.br/5960267776845701

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Erro em download de dados da internet
by Leonardo Monteiro 20 Jun '14

20 Jun '14

Bom dia, pessoal Estou tentando rodar o seguinte codigo: ### year.ini<- 2010 #ano inicial year.end<- 2013 # ano final url<- paste0(' http://power.larc.nasa.gov/cgi-bin/cgiwrap/solar/agro.cgi?email=agroclim%40…',sep=lat, '&lon=', sep = long, '&ms=1&ds=1&ys=', sep = year.ini, '&me=12&de=31&ye=', sep = year.end, '&p=toa_dwn&p=swv_dwn&p=lwv_dwn&p=T2M&p=T2MN&p=T2MX&p=RH2M&p=DFP2M&p=RAIN&p=WS10M&submit=Submit') download.file(url, "data.txt", method = "auto", quiet = FALSE, mode = "w", cacheOK = TRUE) ### entretanto, se a diferenca entre os anos (inicial e final) for >8, aparece a seguinte msg: "Error in download.file(url.a, "data.txt", method = "auto", quiet = FALSE, : cannot open URL ' http://power.larc.nasa.gov/cgi-bin/cgiwrap/solar/agro.cgi?email=agroclim%40… ' In addition: Warning message: In download.file(url.a, "data.txt", method = "auto", quiet = FALSE, : InternetOpenUrl failed: 'O tempo limite da operação foi atingido' " Por outro lado, se forem poucos anos, esta rodando normalmente. Alguem saberia como resolver esse problema? Obrigado, -- Leonardo Amaral Monteiro - Agronomist MSc in Agrometeorology PhD Student in Engineering Agricultural Systems Sao Paulo University - College of Agriculture "Luiz de Queiroz" - Brazil Landscape System Analysis - ZALF Institute, Müncheberg - Germany ====================================================== Mestre em Agrometeorologia Doutorando em Engenharia de Sistemas Agrícolas Universidade de Sao Paulo - Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" Landscape System Analysis - Instituto ZALF - Müncheberg - Alemanha ====================================================== Phone: +55 19 34294123 - R. 236

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Passar configurações de proxy ao R
by Éder Comunello 19 Jun '14

19 Jun '14

O colega Lucas Souza relatou a dificuldade de utilizar o R em redes que requerem a configuração do proxy em: < http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-varias-linhas-em-um-unica-coluna-td4… > Para não truncar a discussão, tomei a liberdade de criar um tópico novo com uma possível solução: *### Solução 1: para estabelecer proxy no R Console no Windows* *Essa solução implica em copiar ou criar um atalho para o R Console acrescentando alguns parâmetros.* Ao editar o atalho que aponta para o R Console você tem algo na forma: "C:\Program Files\R\your_R_version\bin\arch\Rgui.exe" Ex: "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\i386\Rgui.exe" ou "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" A partir daqui são duas possibilidades: *a) uso de internet2.dll, que refere-se as opções passadas ao Internet Explorer (método 1):* "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" --internet2 Em algumas redes você deve logar no seu primeiro uso da internet na sessão, fornecendo seu username e senha. Se isso ocorre no seu sistema quando usa o Internet Explorer, mas o R não consegue produzir esse evento, você deverá logar primeiro via Internet Explorer para depois acionar o R. ### *b) passar as configurações diretamente na forma:* "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" http_proxy=http://user_id:passwod@your_proxy:your_port/ Você deve solicitar ao analista de TI que lhe forneça os parâmetros ou pode conseguir nas configurações de 'Opções da Internet'. Seria algo do tipo: "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" http_proxy=http://luc.souza:senha1@http:/proxy.conab.gov.br:3128 ### *c) passar as configurações diretamente, mas solicitgando uma tela para entrada de login e senha (método 2):* "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" http_proxy=http:/999.99.99.99:8080/ http_proxy_user=ask Considero essa a melhor forma. Seria algo como: Ex: '"C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" http_proxy=http:/ proxy.conab.gov.br:3128/ http_proxy_user=ask' No método 2, quando você tentar acessar a rede deverá surgir uma tela tal como aparece na figura que segue: Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-varias-linhas-em-um-unica-coluna-td4…

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união 2 shapefiles para mapa
by Heloíse Pavanato 18 Jun '14

18 Jun '14

Boa tarde, Quero plotar uma mapa unindo dois shapefiles diferentes: um da classe polígono (SpatialPolygonsDataFrame) e outro da classe linha (SpatialLinesDataFrame), mas não sei que função usar para uni-los. O CMR com os mapas plotados em separado está abaixo: # Ler arquivo shapefile da RDSM (websig - IDSM) library(maptools) # Toda a área shp <- readShapeSpatial(file.choose()) crs.geo <- CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84") proj4string(shp.t) <- crs.geo par(bg='grey99', pty='s', oma=c(0.5,0.5,0.5,0.5)) plot(shp, col='lightsteelblue', axes=T) title(main='Rio Tefé', font.main=1, cex.main=1.5) shp1 <- readShapeSpatial(file.choose()) crs.geo <- CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84") proj4string(shp1) <- crs.geo par(bg='grey99', pty='s', oma=c(0.5,0.5,0.5,0.5)) plot(shp1, col='lightsteelblue', axes=T) title(main='Lago Tefé', font.main=1, cex.main=1.5) Os arquivos Rio_Tefe.shp e Lago_tefe que estou usando estão aqui: http://www.datafilehost.com/d/4099211a A quem puder me ajudar, obrigada! Abraço, Heloise

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