Julho 2013 - R-br - DINF UFPR

Datas em R
by Eliana Silva 26 Jul '13

26 Jul '13

Boa tarde, gostaria de ter a vossa ajuda numa situação. Ao ter 3 datas por exemplo~ 2012-05-15 2012-05-16 2012-05-17 Gostaria de saber como faço a combinaçao das 3 datas mas calcular apenas uma vez ou seja, eu quero saber 2012-05-15-2012-05-16 2012-05-15-2012-05-17 2012-05-16-2012-05-17 Obrigada

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Título do eixo x de gráfico em barras
by Aline Lipsky 26 Jul '13

26 Jul '13

Bom dia, Estou fazendo um gráfico de barras com os seguintes comandos: par(cex.lab = 0.8, cex.axis = 0.8, "usr", cex.main = 1.0)grafico.1 <- barplot(media.capturada, beside=TRUE, main="Média capturada por espécie ", ylab="Captura (t)", col = rainbow(19), ylim=c(0,7000) ,cex.axis=par("cex.axis"), cex.lab=par("cex.lab"), border=NA) text(grafico.1, par("usr")[1], srt=45, lab = nome, adj = 1, xpd=NA) . O título inclinado do eixo x fica ligeiramente sobreposto às barras. Gostaria de colocar mais abaixo o título do eixo x.Se alguém por puder me ajudar, agradeço. Aline F. Lipsky

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Novo problema para mudar projeção de um raster
by ASANTOS 26 Jul '13

26 Jul '13

Boa noite Pessoal, Consegui resolver um problema e consegui outro, transformei as coordenadas latlong de um geotiff do Topodata em utm usando spTransform(). Como não consegui transformar diretamente um SpatialPixelsDataFrame do topodata apenas colocando o novo CRS e em vários posts não vi nenhuma solução para isso, tentei fazer da seguinte maneira, transformei apenas o @coords do topodata de geo para utm e depois tentei inserir com replace() os novos valores em utm dentro do SpatialPixelsDataFrame e ocorreu o seguinte erro: Erro em replace(dem.sp@coords[1:10026, 1:2], dem.sp@coords, Utm@coords[1:10026, : valores negativos não são permitidos na subscrição de matriz Não sei por onde continuar uma vez que minhas coordenadas geo são negativas e Mod[] não funcionou, segue CRM: require(rgdal) require(raster) # Criar uma área de menor dimensão que a imagem inteira que abarque a região de interesse xcc<-773759.1 ycc<-7841546 p.central<-cbind(xcc,ycc) ###Criando os vértices da área coordV<-NULL coordV <- rbind(coordV,cbind(p.central[,1]+c(-1500,1500,1500,-1500,-1500),p.central[,2]+c(1500,1500,-1500,-1500,1500))) coordV plot(coordV[,1],coordV[,2]) points(p.central[,1],p.central[,2], col="red") # # Cria um polígono com o contorno definido bnds <- cbind(x=c(coordV[,1]), y=c(coordV[,2])) # CRS UTM SP <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(bnds)), "1"))) proj4string(SP) = CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m +no_defs") ## Projeção ### CRS GEO SPgeo<- spTransform(SP, CRS("+proj=longlat +datum=WGS84")) # ## baixa e abre o objeto topodata url=("http://www.dsr.inpe.br/topodata/data/geotiff/19S435SN.zip") download.file(url, destfile = "19S435SN.zip") ### descompacta system("unzip 19S435SN.zip") # abrir o topodata declividade 19S435SN dem <- raster('19S435SN.tif') ### ### atribui a projeção longlat e datum WGS83 ao raster. proj4string(dem) <- CRS("+proj=longlat +datum=WGS84") #Cortar uma área menor de interesse dem.crop <- crop(dem, extent(SPgeo), snap='out') contorno.na <- setValues(dem.crop, NA) contorno.r <- rasterize(SPgeo, contorno.na) dem.mask <- mask(x=dem.crop, mask=SPgeo) dem.sp <- as(dem.mask, "SpatialPixelsDataFrame") ## Mudar projeção de LatLong para Utm LatLong <- data.frame(X =dem.sp@coords[,1], Y = dem.sp@coords[,2]) coordinates(LatLong) <- ~ X+Y proj4string(LatLong) <- CRS("+proj=longlat +datum=WGS84") Utm <- spTransform(LatLong, CRS("+init=epsg:29193")) ## Tentativa de substituir as coordenadas geo para utm dentro do objeto dem.sp replace(dem.sp@coords[1:10026, 1:2], dem.sp@coords,Utm@coords[1:10026,1:2]) # proj4string(dem.sp) <- CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m +no_defs") writeGDAL(dem.sp,"dem.tif") # Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Error in scan - line 666895 did not have 12 elements
by Adriano Borges Costa 25 Jul '13

25 Jul '13

Caros, Boa tarde! Estou tendo dificuldades para importar uma base de dados da RAIS que tenho que trabalhar no R. Trata-se de uma base com mais de um 1GB, com 12 variáveis, separadas por espaços fixos. Estou usando o comando abaixo: rais96<-read.fwf("rais.txt", widths = c(1,14,5,10,12,6,1,45,18,52,19,8), sep="\t", h=FALSE, stringsAsFactors=FALSE, comment.char='') Após vários minutos tem me retornado a mensagem abaixo: Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings, : line 666895 did not have 12 elements Estou usando o parâmetro comment.char='' porque existem caracteres # utilizados para observações vazias. Eu não consigo abrir esse arquivo .txt no bloco de notas para analisar a linha com erro. Existe alguma forma de eu conseguir no R acessar essa linha específica para ver se tem algum erro? Você podem me dar alguma dica de como resolver esse problema? Obrigado pela ajuda de sempre. Abraços -- Adriano Borges Costa

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Legenda em gráfico
by Fátima Lima Paula 25 Jul '13

25 Jul '13

Prezados, como sei qual será o tipo da linha que corresponderá à respectiva variável quando faço uma análise de sobrevivência. Por exemplo, tenho uma variável chamada eletiva que tem os valores sim e nao. Usei os seguintes comandos: sob.km3=survfit(Surv(tempo,status)~eletiva,data=sob) plot(sob.km3,conf.int=F,mark.time=F,lty=c(1,2),xlab="Dias",ylab="S(t)") legend(x="bottomleft",legend=c("sim","não"),lty=c(1,2),title="Eletiva") Como sei que a linha1 será o sim da variável e a linha 2 o não, ou vice-versa, se não especifiquei em momento nenhum? Obrigada Abs Fátima -- "Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos"

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Ubuntu em disco GPT [Off Topic]
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 25 Jul '13

25 Jul '13

Prezados Estou com um notebook lenovo Ideapad S400 que veio com Windows 8 e gostaria de transforma-lo em Dual Boot e instalar o Ubuntu, porém não estou conseguindo, ele até instala, mas só inicia no Windows 8. Andei pesquisando e vi que o disco está em GPT. Alguém tem ideia como posso resolver isso? Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 68463637 http://www.linkedin.com/profile/view?id=250437145&trk=tab_pro

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return com if
by Alisson Lucrecio 25 Jul '13

25 Jul '13

Caros colegas, Boa tarde. Vocês poderia me ajudar nesse script, eu preciso fazer retornar somente quando as data.frame forem criadas. Obrigado. return(list(anova=anova, cv=cv, shapiro.test=shapiro.test, bart.test=bart.test, if(!is.null(table1)) {table1 = table1}, if(!is.null(table2)) {table2 = table2}) Alisson Lucrécio da Costa

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Re: [R-br] ?Problema para mudar projeção em um raster
by Éder Comunello 25 Jul '13

25 Jul '13

Complementando a resposta anterior (abaixo), o arquivo topodata do CMR não corresponde à área de interesse definida. A área coincidente é dada pelo arquivo 19S435SN.zip. ### require(raster) url=("http://www.dsr.inpe.br/topodata/data/geotiff/19S435SN.zip") download.file(url, destfile = "19S435SN.zip") dem <- raster('19S435SN.tif') ### Observe as saídas transcritas abaixo: > extent(SP.geo) class : Extent xmin : -42.40624 xmax : -42.37724 ymin : -19.51573 ymax : -19.48824 > dem <- raster('19S435SN.tif') > extent(dem) class : Extent xmin : -43.50024 xmax : -42 ymin : -20 ymax : -19 2013/7/24 Eder Comunello <ecomunel(a)gmail.com> > Prezado Alexandre, > > Quanto ao erro de spTransform(), faltou dar espaço antes do argumento > '+south'. > > ### INICIO > > ### bnds fornecido no CMS > bnds <- structure(c(772259.1, 775259.1, 775259.1, 772259.1, 772259.1, > 7843046, 7843046, 7840046, 7840046, 7843046), .Dim = c(5L, 2L > ), .Dimnames = list(NULL, c("x", "y"))) > > ### CRS UTM > SP <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(bnds)), "1"))) > proj4string(SP) = CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m > +no_defs") ## Projeção > > ### CRS GEO > SPgeo<- spTransform(SP, CRS("+proj=longlat +datum=WGS84")) ### aqui não é > necessário +south > SPgeo@bbox > > ### FIM > > Com esse código você obterá: > > > SPgeo@bbox > min max > x -42.40624 -42.37724 > y -19.51573 -19.48824 > > At.te, > > > -- > Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > -- Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]

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Re: [R-br] ?Problema para mudar projeção em um raster
by Eder Comunello 24 Jul '13

24 Jul '13

Prezado Alexandre, Quanto ao erro de spTransform(), faltou dar espaço antes do argumento '+south'. ### INICIO ### bnds fornecido no CMS bnds <- structure(c(772259.1, 775259.1, 775259.1, 772259.1, 772259.1, 7843046, 7843046, 7840046, 7840046, 7843046), .Dim = c(5L, 2L ), .Dimnames = list(NULL, c("x", "y"))) ### CRS UTM SP <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(bnds)), "1"))) proj4string(SP) = CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m +no_defs") ## Projeção ### CRS GEO SPgeo<- spTransform(SP, CRS("+proj=longlat +datum=WGS84")) ### aqui não é necessário +south SPgeo@bbox ### FIM Com esse código você obterá: > SPgeo@bbox min max x -42.40624 -42.37724 y -19.51573 -19.48824 At.te, -- Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]

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Analise de variância fator com níveis quantitativos
by Alisson Lucrecio 24 Jul '13

24 Jul '13

Caro Colegas r-br, Boa tarde. Nesse exemplo abaixo é certo transformar um dado quantitativo em fator para depois fazer a analise de variância? Obrigado Alisson Lucrécio da Costa adi <- expand.grid(cult=gl(1,5,la=LETTERS[1]), fert=101) fat <- expand.grid(cult=gl(5,5,la=LETTERS[2:6]), fert=seq(50,150,25)) da <- rbind(adi, fat) theta <- c(c(-194.29, -197.26, -197.85, -203.03, -190.20, -190.45), c(9.1797, 8.2686, 8.6437, 9.3438, 8.8773, 8.1872), c(-0.03382, -0.03479, -0.03632, -0.03341, -0.03597, -0.03675)) X <- model.matrix(~-1+cult/(fert+I(fert^2)), data=da) da$eta <- X%*%matrix(theta) da$y <- da$eta+rnorm(nrow(da),0,30) require(lattice) xyplot(y~fert|cult, data=da, type=c("p","a")) da$Fert <- factor(da$fert) #?????? levels(da$Fert) levels(da$cult) m0 <- aov(y~cult*Fert, data=da) anova(m0) Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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