Dezembro 2013 - R-br

matriz correlação
by Luciane Maria Pilotto 03 Dez '13

03 Dez '13

Olá grupo, estou tentando fazer matriz de correlação de Spearman e tetracórica e não estou conseguindo.estou usando banco com algumas variáveis da PNAD e outras que foram criadas a partir destas. Em anexo, as primeiras observações do banco (matriz1.rda). str(matriz) #Transformando em numericas as variáveis que eram fator matriz$urbrurd <- as.numeric(matriz$urbrurd) matriz$racacat <- as.numeric(matriz$racacat) matriz$fumocat <- as.numeric(matriz$fumocat) matriz$consdent12<- as.numeric(matriz$consdent12) matriz$necref<- as.numeric(matriz$necref) matriz$excodo2<- as.numeric(matriz$excodo2) matriz$planocat<- as.numeric(matriz$planocat) matriz$cobraat2<- as.numeric(matriz$cobraat2) cor(matriz, use="complete.obs", method="spearman") # A matriz rodou, porém, não está lendo a variável planocat, alguém pode me ajudar? E preciso rodar a matriz de correlação tetracórica das mesmas variáveis e não estou conseguindo. tetrachoric(matriz) #Error in FUN(X[[1L]], ...) : only defined on a data frame with all numeric variables Tentei transformar as variáveis em fator (as.factor) e tb não deu certo #Error in tetra.mat(x, y = y, correct = correct, smooth = smooth, global = global) : Tetrachoric correlations require dictomous data Att., Luciane Maria Pilotto Mestre e Doutoranda em Saúde Bucal Coletiva - FO/UFRGS

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help
by Marcos Toebe 03 Dez '13

03 Dez '13

Prezados Estou desenvolvendo um estudo durante o doutorado, no qual busco definir por reamostragem no r, o dimensionamento amostral para a realização da análise de trilha. No entanto, tenho verificado que em muitos casos a matriz de correlação é singular. Nesse caso, uma alternativa seria eliminar variáveis correlacionadas, que não é meu interesse no momento, ou adicionar uma constante k na diagonal dessa matriz (menor valor k entre 0 e 1 que solucione o problema). Alguém saberia me informar como consigo adicionar essa constante k apenas na diagonal da matriz no r? E além disso, como poderia criar uma condição de iteração, no qual um valor k seria atribuído e sua eficiência testada por meio de, por exemplo, número de condição? Agradeço muito desde já a ajuda! -- -------------------- *Marcos Toebe* *Engenheiro Agrônomo - UFSM* *Mestre em Agronomia - UFSM* *Doutorando em Agronomia - UFSMBolsista de doutorado - CNPq* m.toebe(a)gmail.com 55-91522333 55-96617761

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ScottKnott
by Andre Oliveira 03 Dez '13

03 Dez '13

Pessoal depois de pesquisar na grupo e no manual da função ainda não resolvi o que quero. Estou com esta estrutura. > setwd("/media/Meus arquivos/Pendrive/KINGSTON/sweave/apostilaR2") > require(gdata) > dad<-read.xls("dic.xls") > str(dad) 'data.frame':12 obs. of 3 variables: $ trata: Factor w/ 4 levels "A","B","C","D": 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 ... $ rep : int 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 ... $ respo: int 6 14 4 9 10 8 73 22 10 1 ... > attach(dad) > dad trata rep respo 1 A 1 6 2 A 2 14 3 A 3 4 4 B 1 9 5 B 2 10 6 B 3 8 7 C 1 73 8 C 2 22 9 C 3 10 10 D 1 1 11 D 2 10 12 D 3 4 > library(doBy) > summaryBy(respo~trata,dad,FUN=c(mean,sd)) trata respo.mean respo.sd 1 A 8 5.291503 2 B 9 1.000000 3 C 35 33.451457 4 D 5 4.582576 > require(ScottKnott) > sk1<-SK(dad,y=respo,model="respo~trata",which="trata") > summary(sk1) Levels Means SK(5%) C 35 a B 9 a A 8 a D 5 a > plot(sk1, title = "Treatamentos", col = rainbow(3)) média iguais ? Minha pergunta é o que fiz de errado? Declarei o modelo errado? o correto seria sk1<-SK(x=dad,y=respo,model="respo~trata",which="trata")? Não mudou nada na resposta summary(sk1) Levels Means SK(5%) C 35 a B 9 a A 8 a D 5 a obrigado

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anova com dois fatores não paramétrica
by Luiz Henrique da Conceicao Leal 03 Dez '13

03 Dez '13

Alguém sabe qual é alternativa não paramétrica quando não se pode assumir normalidade no caso de análise de variância com dois fatores? Desde já agradeço Luiz

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Lattice segplot + panel.xblocks
by FHRB Toledo 02 Dez '13

02 Dez '13

Senhores, Estou tentando fazer um gráfico usando a segplot()... até aí tudo perfeito! Entretanto gostaria de "hachurar" uma área do background do gráfico e tentei de várias formas, mas não consegui! O problema reside é que cada painel terá uma área diferente para hachurar. Procurei e achei as funções panel.xblocks() e pane.rect(). Acho que o caminho é por aí! Gostaria da ajuda de vocês para tentar implementar isso... segue o CMR: dados <- dput(dados) structure(list(fator = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("a", "b"), class = "factor"), tratamento = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L), media = c(56.7273408697765, 21.6789539145706, 48.9147297325716, 16.128713312085, 72.2770042662147, 76.4078177803679, 50.9077623429051, 73.4185754594888, 6.10335920092642, 55.0889792680129, 73.2888965805648, 42.4138621293343, 61.1580652843309, 60.6674652959473, 61.985833396912, 59.1674199053476, 64.5810153586145, 49.9847839597647, 43.5403475266414, 73.2055926430283, 78.0443736554009, 29.0590364242541, 67.0013026876617, 21.7957799074036, 94.6993295797361, 97.3586875521169, 70.5384358034064, 84.0236784048615, 6.13251698933115, 72.2706008690223, 95.925565877041, 56.3692012642583, 79.8817867665571, 78.7296774114649, 78.3993769394509, 76.0775293205963, 80.0321741107855, 66.4321920049995, 54.1984087410355, 98.1778312021352), inferior = c(43.1836043224278, 17.1528746401404, 37.1996905806528, 12.9475504916982, 46.7714226580457, 45.3692479773409, 39.7789554679844, 29.8329460853507, 2.56413580548224, 35.8089238584928, 47.4171926197379, 29.7410223171652, 39.6810438781391, 38.6961342195907, 37.1835630240529, 37.067425724059, 35.4724912266013, 35.2427573484592, 25.0802453164008, 51.397401326238, 67.626248555891, 18.7695537973605, 56.7158673051006, 14.4447744494442, 85.018794282225, 86.9126759092797, 60.2303195514873, 71.7768506217856, 0.319225404377661, 64.8335865483444, 85.7060969685811, 47.3588023848516, 70.3807330972353, 68.9839724287896, 65.9920666691623, 65.2925804505429, 69.4612476374327, 55.1810503876307, 44.5545294532709, 86.576660755252), superior = c(62.3108540885626, 23.8615642963601, 53.7260587383325, 17.774181934749, 79.7146304606838, 84.9807494296331, 55.9924261554983, 86.5989631071634, 7.15646923884448, 60.7368137544209, 80.8316127544867, 46.572404145686, 67.4355492078165, 66.989163863718, 68.859173168856, 65.4348577926561, 72.5430140364942, 54.8771182917571, 48.6009761134763, 80.3851368007263, 87.1231257331536, 38.7305442725622, 76.1037592450441, 28.7278361811028, 102.689316368094, 106.025905852459, 79.6868529319033, 94.2065097903592, 11.6427132483976, 78.4162162468943, 104.39108823494, 64.3280982909318, 87.9131833084866, 86.9760720156632, 89.0620270643251, 85.2808640058557, 88.7701994563184, 76.4111720930247, 62.5587781906989, 107.948178577293)), .Names = c("fator", "tratamento", "media", "inferior", "superior"), row.names = c(NA, -40L), class = "data.frame") segplot(reorder(tratamento, media) ~ inferior + superior | fator, data = dados, centers = media, draw.bands = FALSE, segments.fun = panel.arrows, ends = 'both', angle = 90, length = 1, unit = 'mm', panel = function(x, y, z, centers, subscripts, ...) { panel.segplot(x, y, z, centers = centers, subscripts = subscripts, ...) }) Minha intenção é que o backgrund de cada painel tenha uma área preenchida de vermelho, por exemplo, mas cada intervalo é diferente por painel... acho que a única forma é informar essas áreas externamente, com outr data.frame, seja por exemplo: dadosAUX <- dput(dadosAUX) structure(list(fator = structure(1:2, .Label = c("a", "b"), class = "factor"), xleft = c(30, 50), xright = c(60, 80)), .Names = c("fator", "xleft", "xright"), row.names = c(NA, -2L), class = "data.frame") Assim... em cada painel, preciso que essa área seja preenchida por toda extensão do eixo Y. Qualquer ajuda é bem vinda. Obrigado a todos! Boa semana e que venha Dezembro! att, FH

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Re: [R-br] Intervalos de confiança plot
by Leal 02 Dez '13

02 Dez '13

Quando não puder assumir normalidade qual seria a alternativa? Conectado pela Motorola "walmes ." <walmeszeviani(a)gmail.com> escreveu: >_______________________________________________ >R-br mailing list >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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análise de sobrevivência
by Fátima Lima Paula 01 Dez '13

01 Dez '13

Prezados, qual o melhor pacote para análise de sobrevivência, riscos competitivos. Obrigada Fátima -- "Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos"

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Ajuda numa função para análise de resíduos em GEE
by Gilenio Borges Fernandes 01 Dez '13

01 Dez '13

Prezados(as) Alguém poderia identificar o que está errado na seguinte função: diag_gee_binomial <- function(modelo, dados, umaJanela=T, selGraficos = c(1,1,1,1), identifica=c(0,0,0,0)) { X <- model.matrix(as.formula(paste("~ ", modelo$call$formula[3])), dados) y <- modelo$y beta <- coef(modelo) R <- modelo$work mi <- fitted(modelo) individuo <- modelo$id repet <- dim(modelo$work)[1] ue <- modelo$nobs/repet N <- nrow(X) p <- ncol(X) # Matriz C <- A * Delta #Ligação canonica -> Delta=Identidade A <- diag(mi*(1-mi),N) Etc........... Na execução, diag_gee_binomial(model.ar1, d1, umaJanela=T, selGraficos = c(1,1,1,1), identifica=c(0,0,0,0)) Ocorre a seguinte mensagem de erro: Error in diag(mi * (1 - mi), N) : 'nrow' or 'ncol' cannot be specified when 'x' is a matrix O link para a o CMR da função completa é: https://dl.dropboxusercontent.com/u/73337918/diag_gee_binomial.txt O banco de dados d1 pode ser baixado do link https://dl.dropboxusercontent.com/u/73337918/d1.RData Desde já agradeço Att. -- Gilenio Borges Fernandes Professor Associado IV Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6280/6336 Fax: (071)3283-6276 URL: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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Intervalos de confiança plot
by Gustavo Faria 01 Dez '13

01 Dez '13

Olá, Fiz uma análise discriminante usando o comando lda no pacote MASS e para construção do gráfico utilizei o comando plot. Gostaria de saber como coloco as elipses dos intervalos de confiança no gráfico. Muito obrigado -- --- Gustavo de Faria Silva Biólogo herpetólogo Crbio 87421/04-P Pós-Graduado em Consultoria e Licenciamento Ambiental Mestrando em Zoologia de Vertebrados Telefone: (31) 9579-8473 (Vivo)

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profajabreu@gmail.com wants to follow you. Accept?
by profajabreu＠gmail.com 01 Dez '13

01 Dez '13

Hi, profajabreu(a)gmail.com is now following you. View profajabreu(a)gmail.com's profile http://invites.infoaxe.net/download.jsp?bcb=true&download=true&emai… Follow the link below to remove yourself from all such emails http://invites.infoaxe.net/uns.jsp?email=r-br@listas.c3sl.ufpr.br&iid=926b6…

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