Julho 2012 - R-br - DINF UFPR

Erro ao ler SQL
by Edson Lira 20 Jul '12

20 Jul '12

Caros amigos, estou lendo um banco de dados de doadores em SQL, uma das variá veis é a datahoradoação, quando leio o mês de agosto, tenho um erro, para identificar o dia fui fazendo a leitura por período, identifiquei que o erro está no dia 08 de agosto, cuja mensagem de erro mostro abaixo: + and to_char(doacao_dw.datahoradoacao,'DD/MM/YYYY') >= to_date('28/08/1992','DD/MM/YYYY') + and to_char(doacao_dw.datahoradoacao,'DD/MM/YYYY') <= to_date('28/08/1992','DD/MM/YYYY')" + ) Erro em as.POSIXlt.character(x, tz, ...) : character string is not in a standard unambiguous format Já exportei os dados para csv e ainda não identifiquei qual o erro, alguém tem alguma sugestão? Abaixo o link com o arquivo em csv. No sql consigo rodar o dia, mas no R me dá a mensagem citada acima. coloquei o dia 27 que não tem problema e o dia 28 que apresenta o problema. http://www.datafilehost.com/download-c0c28ad5.html [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

3 10

simulação binomial
by Natalia Martins 19 Jul '12

19 Jul '12

Prezados, Estou simulando dados diários de chuva tentei simular utilizando as funções fitdistr (para obtenção das estimativas dos parâmetros) e rgamma, no entanto tenho bastante zeros (dias sem chuva), com isso não é possível a obtenção dos parâmetros. Erro apresentado no R: Erro em optim(x = c(0, 29.9, 0, 0.7, 0, 0, 8.7, 0, 0, 26.8, 0, 19.4, : valor inicial em vmmin não é finito Posto isso resolvi transformar meus dados 0=não choveu e 1=choveu e simular uma binomial e ver a partir dai se choveu eu simulo o quanto choveu. No entanto para a função fitdistr não é definido a distribuição binomial. Sendo assim alguém saberia como eu posso obter o valor do parâmetro p? Antecipadamente meu obrigada. Att, Natália da Silva Martins Bacharel em Estatística - Universidade Estadual de Maringá/ UEM Mestranda em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 8306-4743

5 4

Arquivo metafile à partir do linux
by Marcelo Claro de Souza 19 Jul '12

19 Jul '12

Tem como salvar figuras como metafile em R à partir do Linux? Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

2 1

Diferença de resultados entre 64 e 32 bits
by Rodrigo Coster 19 Jul '12

19 Jul '12

Caros, programei uma rotina para estimar por máxima verossimilhança os parâmetros de uma cópula e para ver se estava certo comparei os resultados com o comando do pacote copula. Encontrei diferenças apenas na 5a casa decimal em diante, que considerei como sendo por causa do método numérico utilizado. Só que, ao fazer a mesma comparação num computador 64 bits os resultados são bastante divergentes (o meu código muda o valor estimado, enquanto o pacote copula mantem), mudando na 2a casa decimal (no caso o parâmetro é a correlação, então a 2a casa decimal é bem importante). Dai me bateu a seguinte dúvida: em qual confiar? Código: require(copula) require(MASS) set.seed(31415) normCop <- function(param,data) { n <- nrow(data) if (length(param) != n) { param <- rep(param,nrow(data)) } cop <- mapply(normalCopula,param=param,MoreArgs=list(dim=2)) datalist <- apply(data,1,list) for (i in 1:n) { datalist[[i]] <- datalist[[i]][[1]] } out <- -sum(log(mapply(dcopula,copula=cop,u=datalist))) if (out == Inf) { out = exp(100) } return(out) } a <- matrix(0,20,2) n <- 100 Sigma <- matrix(c(10,3,3,2),2,2) for (j in 1:20) { data <- mvrnorm(n=n, rep(0, 2), Sigma) data <- apply(data,2,rank)/(n+1) fitNormCop <- function(data) { optim(cor(data)[2],normCop,data=data, lower = 0, upper = .9999,method="L-BFGS-B") } a[j,1] <- fitNormCop(data)$par # Meu a[j,2] <- fitCopula(normalCopula(.2,2), data, method="ml")@estimate # Pacote copula } E aqui um gráfico de dispersão comparando todos: http://img411.imageshack.us/img411/7527/92588280.png []'s

4 11

Como precificar um treinamento de R básico?
by Paulo Nogueira 18 Jul '12

18 Jul '12

Ola a todos do grupo. Faz um tempo que não recorro a ajuda de vocês, mas dessa vez tenho uma questão um pouco inusitada. Fui questionado sobre a viabilidade de preparar um treinamento básico em R para um grupo de profissionais da área de saúde que, a grosso modo, trabalham com genética. O escopo está razoavelmente bem definido, mas ainda em discussão, e o material em progresso. A grande questão é que não sei precificar um produto desses... Gostaria da ajuda de quem já teve alguma experiência semelhante e possa ajudar em um benchmarking. Seria uma turma de mais ou menos 15 pessoas, com aulas expositivas semanais e material para prática fora de classe. Duração esperada de 3 meses. O cliente é uma empresa da área de saúde. Tenho experiência com outros treinamentos, por exemplo SAS, que é bastante comercial e procurado por grandes instituições. Mas precificar R é duro... ainda mais para quem aprendeu sozinho. Alguém já trabalhou com treinamento R e pode ajudar? Abraços Paulo

6 8

Problemas ao instalar pacote EBImage em windows.
by Augusto Ribas 18 Jul '12

18 Jul '12

Boa tarde a todos. Eu estou com problemas para instalar o pacote EBImage aqui. Eu instalo ele com os comandos: source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("EBImage") Mas qd vou abrir ele eu tenho: > library(EBImage) Carregando pacotes exigidos: abind Error in inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) : impossível carregar objeto compartilhado 'C:/Program Files/R/R-2.15.1/library/EBImage/libs/i386/EBImage.dll': LoadLibrary failure: Não foi possível encontrar o módulo especificado. Erro: package/namespace load failed for ‘EBImage’ Eu segui o manual aqui: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/EBImage/inst/do… E instalei o o gtk antes (gtk+-bundle_2.24.10-20120208_win32), e mudei no meu computador->propriedades->Configurações Avançadas do sistema-> Variaveis de ambiente->Variavel do sistema Novo coloquei o caminho pro gtk E também instalei o ImageMagick, marcando pra colocar as opções `Update exe- cutable search path' e `Install developement headers and libraries' . Que foram a segunda e a quinta caixinha em portugues. Eu instalei a versão 6.7.8.... Q16 E por ultimo ainda instalei o Microsoft VC++ 2008 Redistributable Package Ainda sim não vai. Abrindo pelo Tinn-R da ainda a msg: O programa não pode ser iniciado porque está faltando o libgdk-win32-2.0-0.dll no seu computador. Tente reinstalá-lo para resolver o problema. Mas esse arquivo ta la no gtk. Alguem tem alguma ideia? Segue meu sessionInfo se for de alguma ajuda: > sessionInfo() R version 2.15.1 (2012-06-22) Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit) locale: [1] LC_COLLATE=Portuguese_Brazil.1252 LC_CTYPE=Portuguese_Brazil.1252 [3] LC_MONETARY=Portuguese_Brazil.1252 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Portuguese_Brazil.1252 attached base packages: [1] stats graphics grDevices datasets utils methods base other attached packages: [1] abind_1.4-0 loaded via a namespace (and not attached): [1] tools_2.15.1 -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

3 7

pacote easyanova no CRAN
by Emmanuel Arnhold 18 Jul '12

18 Jul '12

Colegas da lista. A quem interessar esta disponível no cran o pacote easyanova. O pacote possui funções que automatizam anova e cia em vários delineamentos, inclusive em casos de desbalanceamento. http://cran.r-project.org/web/packages/easyanova/index.html intall.packages("easyanova") require(easyanova) ?ea1 ?ea2 ?ea3 ?ea4 ?ea5 ?ea6 ?ea7 ?ea8

2 1

Colocar elipse de confiança num gráfico
by Mauro Sznelwar 18 Jul '12

18 Jul '12

Desculpem minha insistência, até tentei como podem ver, mas não consegui, alguém descobre faz para inserir uma elipse de confiança neste gráfico acima de Análise discriminante: plot(marajoara.norm.ldakm1,dimen=2,ylim=c(-5,5),xlim=c(20,35), cex=1,col=marajoara.norm.km1$cluster) library(ellipse) lines(ellipse(marajoara.norm.km1$cluster, centre = c(27,0)), type = "l") Abaixo tem o script que gerou este gráfico, e estou enviando também o arquivo de dados. http://www.datafilehost.com/download-1eccadf2.html marajoara=read.csv('Marajoara Mario.csv',head=T,dec=',',sep=';') marajoara.norm=sapply(data.frame(marajoara[,2:15]),scale) #marajoara.norm=(data.frame(marajoara[,2:15])) #summary(marajoara.norm) #library(fBasics) #basicStats(marajoara.norm) marajoara.norm.h=hclust(dist(marajoara.norm),method='average') #marajoara.norm.h=hclust(dist(marajoara.norm)^2,method='ward') plot(marajoara.norm.h,main='Marajoara original-Ward Linkage\n Square Euclidian Distance\n Hclust Dendograma') #pdf('figuras/Marajoara-original-dendograma-hclust-average.pdf') library(cluster) marajoara.norm.d=diana(dist(marajoara.norm)) plot(marajoara.norm.d,main='Marajoara original-Divisive Dendograma') #pdf('figuras/Marajoara-original-dendograma-divisive.pdf') #Componentes Principais initial=tapply(marajoara.norm,list(rep(cutree(marajoara.norm.h,3), ncol(marajoara.norm)),col(marajoara.norm)),mean) marajoara.norm.km1=kmeans(marajoara.norm,initial) marajoara.norm.pca=princomp(marajoara.norm) marajoara.norm.px=predict(marajoara.norm.pca) library(MASS) eqscplot(marajoara.norm.px[,1:2],type='n',xlab='component 1',ylab='component 2') text(marajoara.norm.px[,1:2],labels=as.character(marajoara.norm.km1$cluster), col=as.numeric(marajoara.norm.km1$cluster)) title('PCA Marajoara original - clusters kmeans\n centros iniciais corte dendograma hclust 3') #identify(marajoara.norm.px,n=5) #pdf('figuras/PCA-Marajoara-original-centros-kmeans\n centros inicias de corte dendograma hclust 3') initial=tapply(marajoara.norm,list(rep(cutree(marajoara.norm.d,3), ncol(marajoara.norm)),col(marajoara.norm)),mean) marajoara.norm.km2=kmeans(marajoara.norm,initial) marajoara.norm.pca=princomp(marajoara.norm) marajoara.norm.px=predict(marajoara.norm.pca) eqscplot(marajoara.norm.px[,1:2],type='n',xlab='component 1',ylab='component 2') text(marajoara.norm.px[,1:2],labels=as.character(marajoara.norm.km2$cluster), col=as.numeric(marajoara.norm.km2$cluster)) title('PCA Marajoara original - clusters kmeans\n centros iniciais corte dendograma diana 3') #identify(marajoara.norm.px,n=5) #pdf('figuras/PCA-Marajoara-original-centros-kmeans\n centros inicias de corte dendodiana-3.pdf') marajoara.norm.km=kmeans(marajoara.norm,3) marajoara.norm.pca=princomp(marajoara.norm) marajoara.norm.px=predict(marajoara.norm.pca) eqscplot(marajoara.norm.px[,1:2],type='n',xlab='component 1',ylab='component 2') text(marajoara.norm.px[,1:2],labels=as.character(marajoara.norm.km$cluster), col=marajoara.norm.km$cluster) title('PCA Marajoara original - clusters kmeans 3 centros') #identify(marajoara.norm.px,n=5) #pdf('figuras/PCA-Marajoara-original-clusters-kmeans-3-centros.pdf') #Análise Discriminante Linear marajoara.norm.ldakm1=lda(marajoara.norm,as.character(marajoara.norm.km1$cluster)) plot(marajoara.norm.ldakm1,dimen=2,cex=1,col=marajoara.norm.km1$cluster) title('LDA Marajoara-Grupo do K-Means - corte dendograma hclust em 3') #pdf('figuras/LDA-Marajoara-grupos-kmeans-dendohclust-3.pdf') #fazendo um zoom no gráfico corta um ponto plot(marajoara.norm.ldakm1,dimen=2,ylim=c(-5,5),xlim=c(20,35), cex=1,col=marajoara.norm.km1$cluster) title('LDA Marajoara-parte do gráfico para visualização\n Grupos do K-Means-corte dendograma hclust em 3') #identify(marajoara.norm.km1$cluster,n=5) #pdf('figuras/LDA-Marajoara-grupos-kmeans-dendodiana-3.pdf') library(ellipse) lines(ellipse(marajoara.norm.km1$cluster, centre = c(27,0)), type = "l")

1 0

duvida controle de qualidade
by Natalia Martins 17 Jul '12

17 Jul '12

Por favor estou com um dúvida em controle de qualidade e ficaria muito grata se alguem pudesse tirá-la, ou contribuir de alguma forma. Bem é o seguinte, tenho uma máquina que é programada para colocar uma quantidade exata de adubo em um ponto especificado no campo via GPS, ou seja, a maquina vai passando pelo campo e derramando o adubo na quantidade exigida para aquela coordenada (x,y), as quantidades vão sendo mudadas a cada ponto. Eu sei a quantidade que a maquina *deve* derrubar em todo o campo e as quantidades que a maquina *realmente derruba.* Quando a maquina termina o seu serviço um equipamento instalado nela me informa o que ela realmente derrubou de adubo em cada coordenada, assim eu tenho que verificar se esta maquina está sob controle estatístico de qualidade. - tenho o que a maquina deve derramar por coordenada no campo todo - tenho o que a maquina realmente derramou por coordenada no campo todo Minhas duvidas em relação a esse processo são: Para verificar se meu processo esta sob controle eu fiz a diferença entre o que a maquina realmente aplicou e o que deveria ser aplicado, eu posso aplicar a teoria de controle de qualidade a esta diferença? Tenho todos os pontos (2700 pontos) e não uma amostra, a teoria também pode ser aplicada a todos os dados? Quando faço o teste de normalidade de shapiro wilks este mostra me que meus dados não apresentam normalidade, devo transformá-los? Muito obrigada, -- Natália da Silva Martins Bacharel em Estatística - Universidade Estadual de Maringá/ UEM Mestranda em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 8306-4743

5 5

coeficiente de concordância kappa
by Edson Lira 17 Jul '12

17 Jul '12

Caros amigos, em quais pacotes agora posso obter o coeficiente de kappa? Visto que o DiagnosisMed que era o que eu usava não está mais disponível. [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

4 3