Maio 2012 - R-br - DINF UFPR

Dificuldade em maximização/minimização de funções! (Repassando help Adailton Alcantara)
by Ivan Bezerra Allaman 25 Mai '12

25 Mai '12

Adailton, Procure seguir o guia de postagem e evite anexar arquivos! Repassando então a dúvido de Adailton Alcantara para os nobres amigos do R. OBS: Segue o link no final da postagem com as funções que o Adailton criou! Prezados, Nome: Adeilton Pedro de Alcântara Venho pedir ajuda. Definição do problema: Eu tenho uma superfície (mistura de cinco distribui��es normal bivariada) lambda_23(x,y) e uma reta lambda_1(t). Considerando a reta e a superf�cie como conhcidas ( distribui��es verdadeiras) o meu objetivo � recuperar essas distribui��es maximuzando a equa��o de log verossimilhan�a ( no programa que enviei denominada matricaalg1). Ou seja o meu objetivo � recuperar a estrutura do polin�mio que gerou um determinado conjunto de dados utilizando uma equa��o de log-verossimilhan�a sem a necessidade de escrever um modelo param�trico. A minha dificuldade est� no comando nlminb() do R que encontra-se na fun��o metricaalg1. Eu n�o consigo lidar com estes comandos de maximiza��o/minimiza��o de fun��es. Quando altero o chute inicial, embora tenha converg�ncia, os valores encontrados s�o completamente diferentes do valor que eu quero encontrar. Ou seja dependendo do chute inicial a fun��o me retorna coeficientes completamente diferentes. Eu n�o sei se o problema est� na op��o control.list() ou no chute inicial. Provavelmente n�o. O programa que gera o PPNH( Processo de Poisson n�o homog�neo) est� funcionando. A dificuldade est� no uso do comando nlminb(). J� utilizei nlm(), optim(), e DEoptim() para maximizar a equa��o de log-verossimilhan�a por�m n�o consigo enxergar o que est� errado . O problema deve ser de m�ltiplos m�ximos na verossimilhan�a, pois tenho muitos coeficientes. Já estou a quatro anos e não consigo sair disso. Atenciosamente, Adeilton Pedro de Alcântara. Estou enviando um c�digo na linguagem R. O objetivO � recuperar uma reta (lambda_1(t) )e uma mistura de 5 distribui��es normal bivariada (lambda_23(x,y) ). A minha dificuldade est� no chute inicial, ou seja os resultados dependem muito do chute inicial. Al�m disso, cada vez que eu modifici o chute inicial tenho um resultado completamente diferente. O senhor verifica a fun��o onde eu gero o chute inicial (CHUTEINICIALalg1) e a fun��o metricaalg1 (fun��o onde tenho a verossimilhan�a). Nesta fun��o estou fazendo a maximiza��o num�rica da equa��o de log-verossimilhan�a utilizaddo o comando "nlminb() do R. Onde tem CC<-(as.single(CC)>0) # Coloquei positivo para n�o ficar muito tempo rodando. O senhor pode deixar CC<-(as.single(CC)). Para rodar a fun��o basta seguir os comandos a partir de ################# #Rodando a fun��o# ################# O arquivo com as rotinas do R est� no anexo deste e-mail Me ajude, por favor. Atenciosamente, Adeilton Pedro de Alcântara http://dl.dropbox.com/u/33619290/codigoAdailton.txt \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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odfWeave problemas com acentos
by Walmes Zeviani 24 Mai '12

24 Mai '12

Saudações, Estou montando um micro tutorial de odfWeave e observei problemas na geração de documentos. Eu tenho um arquivo odf, gerado pelo OpenOffice Writer com o seguinte conteúdo #---- conteúdo do arquivo odf, walmes_teste1.odf ---- Isso é um teste <<teste, echo=TRUE>> x <- rnorm(100,50,3) summary(x) @ #---- fim do arquivo walmes_teste1.odf --- Abro uma sessão R para compilar por meio dos comandos que apresentam a mensagem de erro abaixo. *> odfWeave("walmes_teste1.odt", "walmes_saida1.odt")* Copying walmes_teste1.odt Setting wd to /tmp/RtmpCE5KJb/odfWeave24115817941 Unzipping ODF file using unzip -o walmes_teste1.odt Archive: walmes_teste1.odt extracting: mimetype creating: Configurations2/statusbar/ inflating: Configurations2/accelerator/current.xml creating: Configurations2/floater/ creating: Configurations2/popupmenu/ creating: Configurations2/progressbar/ creating: Configurations2/menubar/ creating: Configurations2/toolbar/ creating: Configurations2/images/Bitmaps/ inflating: content.xml inflating: manifest.rdf inflating: styles.xml extracting: meta.xml inflating: Thumbnails/thumbnail.png inflating: settings.xml inflating: META-INF/manifest.xml Removing walmes_teste1.odt Creating a Pictures directory Pre-processing the contents Sweaving content.Rnw *Erro: ‘content.Rnw’ is not ASCII and does not declare an encoding* Se eu removo o e acentuado da frame "isso é um teste" para "isso e um teste", a compilação tem sucesso. Googlei e não encontrei alternativas para superar o problema. Minha sessão R é *> sessionInfo()* R version 2.15.0 (2012-03-30) Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit) locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.utf8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=pt_BR.utf8 LC_COLLATE=pt_BR.utf8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.utf8 LC_MESSAGES=pt_BR.utf8 [7] LC_PAPER=C LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.utf8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] odfWeave_0.7.17 XML_3.6-1 lattice_0.20-6 loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_2.15.0 tools_2.15.0 Estou no Ubuntu 10.04 com o seguinte resultado de locale walmes@galibi:~$ locale LANG=pt_BR.utf8 LANGUAGE=pt_BR:pt:en LC_CTYPE="pt_BR.utf8" LC_NUMERIC="pt_BR.utf8" LC_TIME="pt_BR.utf8" LC_COLLATE="pt_BR.utf8" LC_MONETARY="pt_BR.utf8" LC_MESSAGES="pt_BR.utf8" LC_PAPER="pt_BR.utf8" LC_NAME="pt_BR.utf8" LC_ADDRESS="pt_BR.utf8" LC_TELEPHONE="pt_BR.utf8" LC_MEASUREMENT="pt_BR.utf8" LC_IDENTIFICATION="pt_BR.utf8" LC_ALL= walmes@galibi:~$ Alguém tem alguma sugestão? Grato. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Help
by Adeilton Alcantara 24 Mai '12

24 Mai '12

Nome: Adeilton Pedro de Alcântara

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pergunta simples - regular expressions
by Vitor Aguiar 24 Mai '12

24 Mai '12

Caros, faz um tempo que o Benílton me passou um código muito útil, mas como não entendo de regular expressions não sei como exatamente ele funciona. Será que alguém poderia me ajuda a entender? É algo muito simples. Eu tenho um dataframe com várias colunas com nomes como: "PentaE.1" "PentaE.2" "D18S51.1" "D18S51.2" "D21S11.1" "D21S11.2"... Então Benilton me passou o seguinte código: Names = unique(gsub("(.*)\\.\\d{1}$", "\\1", names(x))) que me gera o seguinte resultado: "PentaE" "D18S51" "D21S11" Eu sei que gsub está fazendo um matching do primeiro argumento no meu daframe e substituindo pelo segundo argumento, retirando tudo que está após o "." (ponto) e criando apenas 1 nome onde havia 2. Mas não entendo tudo, como o código produz esse resultado? Quais as funções dessas \\ e d{}... Obrigado, Vitor

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eliminar valores de data.frame
by Vitor Aguiar 24 Mai '12

24 Mai '12

Caros, tenho um data frame com 30 colunas e 100 mil linhas, composto de valores numéricos de 1 a 65. Gostaria de eliminar todos os valores que aparecem menos de 5 vezes, em cada 2 colunas consecutivas separadamente. Por exemplo, se o valor "18" aparece 4 vezes entre os 200.000 valores das minhas 2 primeiras colunas, eu gostaria de eliminar todos os 4. Eu sei que no final eu teria colunas de lengths diferentes no meu data frame, mas eu não preciso recriar o data frame, eu só preciso usar os pares de colunas separadamente. Como fazer isso? Desde já, muito obrigado aos que puderem ajudar. Vitor Aguiar

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Mensagem de erro da função optim
by Rubem Kaipper Ceratti 24 Mai '12

24 Mai '12

CaRos, Ao rodar o script abaixo, a função 'optim' retorna a mensagem: 'Erro em function (par) : não foi possível encontrar a função "fn"'. Tentei, mas não consegui encontrar a razão para o erro. Alguém teria uma idéia? Grato, Rubem ## Script R: library(tweedie) # Simulação de dados period<-factor(1:4) herd<-factor(1:10) dat<-expand.grid(period=period,herd=herd) beta<-c(-.3,1.7,2.5,3.4) x<-model.matrix(~period,dat) b<-rnorm(length(levels(dat$herd)),sd=.3) z<-model.matrix(~-1+herd,dat) mu<-as.vector(exp(x%*%beta+z%*%b)) phi<-.8; p<-1.6 dat$resp<-rtweedie(nrow(dat),p,mu,phi) y<-dat$resp th<-c(rep(0,ncol(x)),1,1,1.5) beta<-th[1:ncol(x)] sig<-th[ncol(x)+1] phi<-th[ncol(x)+2] p<-th[ncol(x)+3] z.ast<-sig*z l.u<-function(u,y,z,x,beta,phi,p){ eta.u<-as.vector(x%*%beta+z%*%u) f.y<-log(dtweedie(y,p,exp(eta.u),phi)) l.yu<-sum(f.y)+sum(dnorm(u,log=T)) return(-l.yu) } uhat<-optim(rep(0,ncol(z)),l.u,method="BFGS",hessian=T, y=y,z=z.ast,x=x,beta=beta,phi=phi,p=p)

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Erro em file("toto230876.tmp", "w")
by Ricardo Dobrovolski 24 Mai '12

24 Mai '12

Olá pessoal, Criei uma função que produz arquivos de saída. No entanto, ela tem sido interrompida com a seguinte mensagem de erro: Erro em file("toto230876.tmp", "w") : não é possível abrir a conexão Além disso: Mensagens de aviso perdidas: 1: In file.create("toto230876.tmp") : não foi possível criar arquivo 'toto230876.tmp', motivo 'Permission denied' 2: In file("toto230876.tmp", "w") : não foi possível abrir o arquivo 'toto230876.tmp': Permission denied Porém, isso só ocorre às vezes, em diferentes passos da função. Abraço, RD.

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Atribuir nomes a códigos
by Edson Lira 24 Mai '12

24 Mai '12

Boa noite a todos. Estou com um pequeno problema. Tenho um banco aonde a variável bairro está codificada com números, e tenho um outro arquivo que consigo ler, aonde contenho os códigos e os bairros para cada código. como associar os códigos do meu banco com a relação de bairros do outro arquivo. A disposição é mostrada a seguir: IDBairro BAIRRO BZONA CodCida 1 92 Centro Presidente Figueiredo 3 2 93 Morada do Sol Presidente Figueiredo 3 3 94 Centro Balbina 3 4 95 Honório Roldão Presidente Figueiredo 3 5 96 Aida Mendonça Presidente Figueiredo 3 6 97 José Dutra Presidente Figueiredo 3 7 98 Tancredo Neves Presidente Figueiredo 3 8 99 Galo da Serra Presidente Figueiredo 3 9 100 Sol Nascente Presidente Figueiredo O banco de dados está assim: Os bairros em código: 92 92 92 92 92 92 92 92 92 92 97 93 93 93 93 93 95 93 93 93 93 95 95 95 95 95 93 95 93 95 95 95 95 95 95 95 93 93 93 95 Como associar o código do banco com o bairro do arquivo de códigos? Obrigado. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Extração de QMerros em lme
by Marcelo Cardoso mello 23 Mai '12

23 Mai '12

Para extrair o QMerro de subparcela na lme posso usar model$sigma, mas como faço para obter o QMerro relativo as parcelas?

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Pacote_gerar_mapas
by Rafael Tieppo 23 Mai '12

23 Mai '12

Necessito gerar mapas a partir de X (LONGITUDE) Y (LATITUDE) Z(teor de umidade no solo). O mapa deve ser 2D e a variável Z pretendo representar por cores através de uma legenda, ex.: 12-16% azul ; 16,01 - 18% verde ; etc Testei o GeoR e o adehabitatMA, porém nao tive os resultados pretendidos. Alguém pode me indicar um pacote? Obrigado. Atenciosamente, Eng. Agrícola Rafael Cesar Tieppo UNEMAT - Campus Tangará da Serra - MT / Departamento de Agronomia Fone:+55-65 3311-4922 site:http://www2.unemat.br/rafaeltieppo "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente".

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