Março 2012 - R-br

Ajuda parar exibir variação temporal de dados em mapas
by Thiago Veloso 19 Mar '12

19 Mar '12

Pessoal, Possuo três mapas (em formato raster) de desmatamento na Amazônia em diferentes anos. Essas taxas de desmatamento variam de 0 a 1. A minha intenção é mostrar a variação temporal do desmatamento através de histogramas que mostram a contagem de células em diferentes classes (p. ex., de 0 a 0.3, de 0.3 a 0.6 e de 0.6 a 1) em cada ano. Aqui está uma ideia conceitual do que preciso fazer (apenas ilustrativa, criada com dados hipotéticos): http://img24.imageshack.us/img24/6416/examplezxt.png e aqui disponibilizo um arquivo com amostra do arquivo de dados http://db.tt/XXDtRee1. Trata-se um netcdf com três níveis de tempo. Na lista de SIG do R eu já recebi algumas dicas para fazer isso. Entretanto, estou recebendo um erro ao tentar criar fatores nos dados. Será que alguém aqui consegue me dar uma auxílio? Segue o código que estou utilizando e a mensagem de erro: --------------------------------------------> #Load required packages> library (raster)Loading required package: spraster version 1.9-70 (27-February-2012)> library (ggplot2)> library (reshape2)> > #Load data> deforest <- brick("/home/thiago/Dropbox/defor-3-years.nc")Loading required package: ncdf> > #Probe layer names and plot raster data> layerNames(deforest)[1] "X0.1" "X0.2" "X0.3"> plot(deforest)> > #Convert spatial object to data frame (omitting NAs)> meltR <- melt(as.array(deforest),na.rm=TRUE)> > #Define classes used to count grids> meltR$class <- cut(meltR$value, c(0,0.3,0.6,1))> #Define factors to plot individual years> meltR$X3 <- factor(meltR$X3, labels=c('2000','2001','2002'))Error in factor(meltR$X3, labels = c("2000", "2001", "2002")) : invalid labels; length 3 should be 1 or 0-------------------------------------------- O código continuaria assim: --------------------------------------------#Plot datap = ggplot(meltR,aes(x=class))p + geom_histogram(aes(fill=class))+facet_grid(. ~ X3)-------------------------------------------- Caso seja útil, segue o sumário do sessionInfo(): --------------------------------------------> sessionInfo()R version 2.14.1 (2011-12-22)Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER=C LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages:[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages:[1] ncdf_1.6.6 reshape2_1.2.1 ggplot2_0.9.0 raster_1.9-70 sp_0.9-97 loaded via a namespace (and not attached): [1] colorspace_1.1-1 dichromat_1.2-4 digest_0.5.2 grid_2.14.1 [5] lattice_0.20-6 MASS_7.3-17 memoise_0.1 munsell_0.3 [9] plyr_1.7.1 proto_0.3-9.2 RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0 [13] stringr_0.6 -------------------------------------------- Um verdadeiro desafio - estou desde 4a feira quebrando a cabeça com isso. Agradeço desde já qualquer contribuição! Thiago.

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[Dúvida] Colocar figura dentro de gráfico.
by Pedro Rafael 17 Mar '12

17 Mar '12

Pessoal,estou querendo adicionar uma imagem JPG/PNG em um plot. Como fazer isto em R? No meu específico problema estou construindo um mapa e no canto queria colocar uma figura. -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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homocedasticidade modelo não linear
by Fernando Antonio de souza 17 Mar '12

17 Mar '12

---------- Mensagem encaminhada ---------- De: Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> Data: 14 de março de 2012 13:50 Assunto: duvida sobre presunção de homocedasticidade Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Caros amigos Estou trabalhando com dados de desenvolcimento de fetos ovinos. Estou modelando o seu crescimento ao longo da gestação. Para tal tenho utilizado o modelo de gompertz da forma log(Y)= a-b*exp(-c*x) sendo x a idade gestacional em dias e Y o peso do feto. Os meus dados atendem o presuposto de normalidade, porém não o faz para o pressuposto de igualdade das variâncias. Tenho lido na literatura a possibilidade de modelar a variância nestes casos. A variância residual observada graficamente se eleva e em seguida rebaixa conforme as médias do modelo se elevam. Na própria literatura comenta que este tipo de comportamento pode ser modelado utilizando o método VarPower() na função glns do pacote nlme. Eu assim o fiz entretanto o novo modelo não obteve melhor ajuste que o anterior quando comparados pela função Anova (p-value e AIC,BIC). Minha dúvida é a seguinte sem a igualdade das variâncias eu não posso validar o modelo. Existe alguma forma de corrigir este problema? abaixo disponho do CMR library(nlme) dput(gestsimp) gompertz1<-nls(log10(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=8.0,b=10.40,c=0.0023),data=gestsimp) gompertz2<-gnls(log10(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=8.0,b=10.40,c=0.0023),weights=varPower(),data=gestsimp) summary(gompertz1) plot(log10(PESO.FETO)~Gest,data=gestsimp,main="Peso do feto em função da idade de cordeiros") curve(5.697742-8.360311*exp(-0.003531*x),add=T,col=2) caso o dput()não funcione segue a saída dele dput(gestsimp)structure(list(Animal = c(3L, 51L, 83L, 89L, 91L, 92L, 93L, 48L, 52L, 55L, 69L, 76L, 78L, 11L, 25L, 41L, 42L, 46L, 50L, 53L, 57L, 10L, 19L, 20L, 30L, 38L, 45L), Manejo = c(1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L), Gest = c(90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L), Fetos = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L ), PV = c(51.1, 46.4, 53.5, 58.2, 30.7, 43.2, 41.5, 42, 43.4, 48.1, 42.2, 47.5, 32, 64.1, 49.9, 40.5, 42, 40.4, 50, 49, 52, 60.1, 55.9, 57, 51.5, 45, 42.8), PCVZ = c(36.93, 36.135, 46.125, 48.02, 23.095, 33.75, 32.575, 34.99, 34.465, 39.578, 30.84, 38.045, 27.455, 54.797, 43.595, 32.12, 33.841, 33.16, 42.06, 40.605, 42.325, 50.436, 46.515, 48.845, 43.075, 36.55, 35.435), PESO.FETO = c(0.215, 0.555, 0.49, 0.53, 0.225, 0.465, 0.61, 1.465, 0.585, 1.755, 0.62, 1.615, 1.045, 0.985, 2.79, 2.42, 2.286, 2.41, 2.3, 3.1, 3.105, 5.38, 4.065, 4.258, 3.878, 3.49, 3.032), FETOGKG = c(60.5065, 50.8621, 67.9386, 32.7586, 41.7391, 46.1815, 47.7506, 51.0421, 66.0087, 63.5711, 50.8569, 60.5784, 49.8817, 62.1197, 60.1357, 0, 0, 62.2886, 0, 55.4768, 53.5301, 68.0826, 58.413, 59.6224, 61.1382, 50.2531, 62.5518 )), .Names = c("Animal", "Manejo", "Gest", "Fetos", "PV", "PCVZ", "PESO.FETO", "FETOGKG"), row.names = c(11L, 13L, 15L, 19L, 20L, 21L, 22L, 30L, 31L, 32L, 35L, 36L, 38L, 42L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 51L, 55L, 63L, 66L, 67L, 71L, 76L, 80L), class = "data.frame", na.action = structure(22L, .Names = "62", class = "omit"))

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[dúvida] Como calcular área de um gráfico?
by Marcelo Claro de Souza 16 Mar '12

16 Mar '12

Plotei um gráfico de linhas, e preciso calacular a área da parte de baixo da figura, tem como fazer isso? a figura foi plotada usando plot(x,y) e visualmente se parece com uma gaussiana. Muito obrigado pela ajuda. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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Luz em glm() poisson vs quasipoisson
by Marcelo Cardoso mello 16 Mar '12

16 Mar '12

Gostaria de uma luz na análise abaixo. Usando poisson e quasipoisson tenho significância no modelo (ANOVA). Porem, NO SUMMARY NÃO TENHO SIGNIFICÂNCIA PARA OS PARÂMETROS DE QUASIPOISSON. Então é o seguinte, existe ou não diferença entre os tratamentos na quasipoisson? dados<-structure(list(Momento = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Alternativa", "Atual"), class = "factor"), CT = c(13000L, 12000L, 31000L, 39000L, 1250000L, 13600000L, 6880000L, 47450000L, 890000L, 33000L, 15400000L, 130000L, 6075L, 850000L, 690000L, 1400000L, 41300000L, 4900000L, 14900000L, 19000L, 31600000L, 1900000L, 600000L, 2000L, 400000L, 840000L, 900L, 900L, 4700000L, 910000L, 1000L, 210L, 90L, 4725L, 200000L, 480000L, 460000L, 107300000L, 8700000L, 3700000L, 4700000L, 15000000L, 20000L, 180000L, 10000L, 30500000L, 59000L, 260000L, 1000L, 100L, 550000L, 300L, 2750L, 46000L, 21500L, 5000L, 1050000L, 9L, 600L, 110L, 310L, 190L, 50L, 18L, 230L, 135L, 100L, 1000L, 108L, 230L, 100L, 3100L, 350L, 30L, 2400L, 19500L, 10000000L, 200L, 10L, 10L, 9L, 9L, 9L, 310000L, 9L, 24000L, 10L, 150L, 9L, 9L, 20L, 80L, 10L, 20L, 9L, 10L, 240L, 40L, 9L, 9L)), .Names = c("Momento", "CT"), row.names = c(NA, -100L), class = "data.frame") m1<-glm(CT~Momento, family=poisson , data=dados) m2<-glm(CT~Momento, family=quasipoisson, data=dados) anova(m1, test= "Chisq") anova(m2, test= "Chisq") summary(m1) summary(m2)

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tcl/tk error : segfault in Rcmdr
by Pedro Paulo Chrispim 16 Mar '12

16 Mar '12

Por algum motivo, o R não conseguia carregar o xwindow. baixei uma versão mais antiga e agora consegui carregar o Rcmdr na versao 2.13.2 as instruções estão em.. http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/installation-notes.html ab, Pp

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Séries Temporais com frequências distintas
by Taynãna César Simões 16 Mar '12

16 Mar '12

Prezados, Estou analisando uma série de contagens de eventos por semana epidemiológica, entre os anos de 2007 a 2010. No entanto, no ano de 2008 existem 53 semanas epidemiológicas, e não 52 como nos demais anos. Então, o problema é que se crio um série temporal da forma tradicional, com freq=52 semanas, ele considera a semana 53 de 2008 como a semana 1 de 2009. Minha série vai da semana 5 de 2007 à semana 52 de 2010. Usei: serie <- ts(contagens, start(2007,5),freq=52) Minha idéia então era criar uma série para cada ano e juntá-las depois, mas como posso fazer isso? Tentei usar a library zoo para séries irregulares, mas não consegui. Obrigada, Taynãna Fiocruz

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Limitação de memória
by Edson Lira 15 Mar '12

15 Mar '12

Bom dia a todos, estou executando uma rotina que lê informações de doadores de sangue. Uso uma base sql, a rotina está me dando a seguinte mensagem: Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 62.5 Mb Meu sistema tem a seguinte configuração: Dual Core 2,7 Ghz Memoria: 2 giga S.O de 32 bits O que faço? Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Manipulação de dados (strings)
by Estevam Caixeta 15 Mar '12

15 Mar '12

Boa noite, possuo um banco de dados com 3 variáveis: 1- Nome da Pessoa 2- Data de nascimento 3- Nome completo da mãe Uma melhor visão do banco pode ser dada assim: NOM_PESSOA DTA_NASC_PESSOA NOM_COMPLETO_MAE_PESSOA 1 *A*NTONIO *D*O *N*ASCIMENTO VIEIRA 17081968 GENESIA *M*ARIA *D*O NASCIMENTO 2 ANTONIA* M*ARGARETE *R*OCHA *D*E ARAUJO 05091975 MARIA *D*A *A*SSUNCAO ROCHA 3 JOAO *P*EDRO *A*RAUJO VIEIRA 06031998 ANTONIA *M*ARGARETE *R*OCHA *D*E ARAUJO 4 ERICA *D*E *A*RAUJO *V*IEIRA 03112001 ANTONIA *M*ARGARETE *R*OCHA *D*E ARAUJO o que eu gostaria de fazer é criar uma quarta variável com a seguinte característica: PrimeiroNomeÚltimoNome*IniciaisNomeDoMeio* DataNascPrimeiroNomeMaeUltimoNomeMae*IniciaisNomeDoMeioMa*e para poder identificar cada indivíduo, já que no meu banco real eu possuo muitos homônimos. Para exemplificar, utilizando os nomes acima fornecidos, eu gostaria de criar algo do tipo: 1 ANTONIOVIEIRA*DN*17081968GENESIANASCIMENTO*MD* 2 ANTONIAARAUJO*MR*D05091975MARIAROCHA*DA* 3 JOAOVIEIRA*PA*06031998ANTONIAARAUJO*MRD* 4 ERICAVIEIRA*DA*03112001ANTONIAARAUJO*MRD* Desde já agradeço. Estevam C.M. Teixeira PS: Coloquei a parte relacionada aos nomes do meio para tentar facilitar a visualização e compreensão do que eu gostaria de fazer

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Stepwise em glm
by Vinicius Brito Rocha 14 Mar '12

14 Mar '12

Senhores, me passou uma dúvida pela cabeça. Stepwise funciona em modelog glm? abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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