Abril 2011 - R-br - DINF UFPR

comparação de substratos
by Gilson Sanchez 29 Abr '11

29 Abr '11

Pessoal mais uma vez precissando ajuda de vc's Estou com um experimento de 3 especies de mudas com 6 tratamentos (substratos) e 3 repetições (exemplo abaixo) eu estou fazendo uma comparação dos substratos por espécie individualmete, mas eu não consigo fazer a compração entre os tratamentos com as espécies, ou seja eu quero comparar trata1 entre as espe1, espe2, e espe3; trat2 entre as esp1, esp2 e esp3 e assim por diante. algem pode ajudar. assi eu teria uma tabela com Tukey na linha compração dos substratos por éspecie indivualmente e na coluna comparação dos substratos entre as espécies. obrigado ############################### ### ANALIZANDO VARIAVEL nf1 ### ############################### #ANÁLISE DE VARIÂNCIA anova.nf<-aov(nf~trat, data = dados) anova(anova.nf) #COMPRAÇÃO DAS MÉDIAS TUKEY 5% require(laercio) LTukey(anova.nf,"trat") # TESTE DE TUKEY ### TESTES DE HOMOGENEIDADE DE VARIÂNCIAS bartlett.test(nf~trat) ### TESTE DE NORMALIDADE shapiro.test(residuals(anova.nf)) Dados: especie trat nf dc alt pts... esp1 1 2 3 4 5 esp1 1 2 3 4 5 esp1 1 2 3 4 5 esp1 2 2 3 4 5 esp1 2 2 3 4 5 esp1 2 2 3 4 5 ... esp1 6 2 3 4 5 esp2 1 2 3 4 5 esp2 1 2 3 4 5 esp2 1 2 3 4 5 esp2 2 2 3 4 5 esp2 2 2 3 4 5 esp2 2 2 3 4 5 ... esp2 6 2 3 4 5 esp3 1 2 3 4 5 esp3 1 2 3 4 5 esp3 1 2 3 4 5 esp3 2 2 3 4 5 esp3 2 2 3 4 5 esp3 2 2 3 4 5 ... esp1 6 2 3 4 5 -- MSc. Gilson Sánchez Chia Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.

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Teste logica para comando subset{base}
by Augusto Ribas 29 Abr '11

29 Abr '11

Ola pessoal. Venho aqui novamente com um problema que deve ser bem simples, mas pra mim ta difícil pensar. Suponhamos que eu tenha dados assim: #exemplo test<-matrix(c(rep(1:3,each=5),rep(4,each=4),runif(38)),byrow=F,nrow=19) Basicamente a primeira coluna é um fator e as demais colunas são as medidas dela. Eu queria selecionar os levels do fator que tem 5 ou mais medidas. (Nesse exemplo seria o levels 1,2 e 3 da coluna 1 do test) Então o level 4 não é pra entrar. Acredito que seria com o comando subset, mas eu nao consegui visualisar como seria um teste de logica pra fazer isso. Nem achei um exemplo pra essa situação dando sopa pela net ou na documentação dele. Se alguem puder dar uma ajudinha. Obrigado. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org/ http://dhost.info/augusto/ Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Minimum Convex Polygon Estimator - mcp {adehabitatHR}
by Augusto Ribas 29 Abr '11

29 Abr '11

Ola Galera. Bem eu estou tendo dificuldade com essa função que calcula o Minimo polígono convexo. Eu tinha feito uma pergunta e a Nory, o Benilton , o Walmes e o Gustavo estavam me dando uma mão. Mas me parece que eu fui querer ser muito economico no exemplo e não consegui realmente resolver meu problema. Bem vou tentar dar um exemplo melhor: Então, eu quero calcular o Minimo polígono convexo para um data-set, procurei no google e vi que o pacote adehabitatHR tem a função mcp que faz isso. Começei a ler a documentação que vi no pacote( http://cran.r-project.org/web/packages/adehabitatHR/vignettes/adehabitatHR.… ). E primeiro fui replicar o exemplo dele: ##Exemplo proposto na documentação## library(adehabitatHR) #coordenadas da especie 1 xy <- matrix(runif(10), ncol = 2) #coordenadas da especie 2 xy2 <- matrix(runif(10), ncol = 2) #juntando as 2 xyt <- rbind(xy, xy2) xyt #criando um id que é o nome das especies id <- gl(2, 5) id #preparando um data frame idsp <- data.frame(id) idsp #função coordinates que por os valores gerados ali em cima como coordenadas no dataframe, é uma função deste pacote coordinates(idsp) <- xyt class(idsp) idsp #calculando o mcp e fazendo o plot mcp(idsp) plot(mcp(idsp)) Até aqui tudo bem, exatamente isso que eu queria fazer, então fui tentar com meus dados que tenho aqui: #Meu dados estão mais ou menos assim: test<-matrix(c(rep(1:3,each=5),rep(4,each=4),rep(5,each=6),runif(50)),byrow=F,nrow=25) test test<-as.data.frame(test) test[[1]] <- as.factor(test[[1]]) str(test) #tentando replicar o exemplo #criando nome das especies id<-test[,1] id #preparando dataframe idsp<-data.frame(id) idsp #inserindo coordenadas coordinates(idsp)<-test[,2:3] #tudo ok idsp mcp(idsp) # At least 5 relocations are required to fit an home range #pimba, da uma msg de erro, pois tem uma especie que tem menos de 5 locais e nao pode se traçar o homerange dela por esse metodo #dai veio minha necessidade de tirar ela do dataframe. #então seguindo Benilton e Gustavo bleh<-rle(sort(as.character(test[, 1]))) bleh<-bleh$values[bleh$lengths > 4] test2<-test[test[, 1] %in% bleh, ] test2 #aqui achei que era exatamente assim que tinha que se parecer o dataframe, ai la fui eu denovo id<-test2[,1] id idsp<-data.frame(id) idsp coordinates(idsp)<-test2[,2:3] idsp mcp(idsp) #tive a mesma mensagem denovo, ai pensei que na função do cara talvez exija o level, e tem um level la que ficou vaziu, o 4. #então eu tirei levels(id) levels(test2[,1]) test2[,1]<-factor(test2[,1]) levels(test2[,1]) id<-test2[,1] levels(id) idsp coordinates(idsp)<-test2[,2:3] #ai parei aqui, não conseguir ver a diferença aqui do exemplo la em cima que é dado documentação do pacote. #Bem é isso -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org/ http://dhost.info/augusto/ Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Enc: Linux ubuntu
by Luciana Melo 28 Abr '11

28 Abr '11

continuo aguardando resposta --- Em ter, 19/4/11, Luciana Melo <melo_lucavalcanti(a)yahoo.com.br> escreveu: De: Luciana Melo <melo_lucavalcanti(a)yahoo.com.br> Assunto: Linux ubuntu Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Data: Terça-feira, 19 de Abril de 2011, 18:03 Prezados, Preciso instalar o R-project num sistema linux ubuntu e depois de vários erros na tentativa o sistema me indicou o R Kward. Pergunta: é a mesma coisa? Grata, Luciana Melo

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Re: [R-br] [R_STAT] Modelagem do Exemplo 3.8 do livro de Multivariada da Mingoti [2 Anexos]
by Vinicius Brito Rocha 28 Abr '11

28 Abr '11

Vanderlei, primeiro esse grupo está sendo desativado. O grupo novo é o r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br. A respeito da sua dúvida basta vc definir a variável como um fator. as.factor(variavel) Att. Vinicius Em 28 de abril de 2011 15:11, Vanderlei Borges <vanderwalls28(a)yahoo.com.br>escreveu: > > [Anexos <#12f9d4fcebe8afa9_TopText> de Vanderlei Borges incluídos abaixo] > > Passei aqui rapido e vir seu e-mail. Talvez estes dois exmplares tenham > algo pra voce. > > --- Em *qui, 28/4/11, samir_thompson <samir_thompson(a)yahoo.com.br>*escreveu: > > > De: samir_thompson <samir_thompson(a)yahoo.com.br> > Assunto: [R_STAT] Modelagem do Exemplo 3.8 do livro de Multivariada da > Mingoti > Para: R_STAT(a)yahoogrupos.com.br > Data: Quinta-feira, 28 de Abril de 2011, 14:33 > > > > Prezados, boa tarde! > Estou com uma dúvida para modelar! > Estou fazendo o exemplo 3.8 do Livro de Análise Fatorial da Mingoti. > > Ao chegar no final, me deparei com uma modelagem que contém como variável > dependente "ID" que é o Indice de Desenvolvimento, e "Tempo" e "Sexo" como > variáveis independentes. > > Só que a variável "Sexo" é 0 ou 1 e não sei como falar para o R que > "Sexo" é uma variável dummy, alguém poderia me ajudar. > > Segue os meus comandos até agora: > # Lendo os dados #: > Exemplo3_8_ID = read.delim("Exemplo 3.8_ID_Tabela.txt",header=T) > Exemplo3_8_ID > > # Grava as informações #: > attach(Exemplo3_8_ID) > Exemplo3_8_ID > > # Regressão Linear #: > res.lm = lm ( ID ~ Tempo + sexo , data=Exemplo3_8_ID) > res.lm > summary(res.lm) > > __._,_.___ > > Anexo(s) de Vanderlei Borges > > 2 de 2 arquivo(s) > Rcore_A handbook of statistical analyses using R1420079336.pdf<http://xa.yimg.com/kq/groups/11923275/1570948868/name/Rcore_A%20handbook%20…> > Rcore_Faraway.pdf<http://xa.yimg.com/kq/groups/11923275/551263925/name/Rcore_Faraway%2Epdf> > > <vanderwalls28@yahoo.com.br?subject=Res%3A%20Re%3A%20%5BR_STAT%5D%20Modelagem%20do%20Exemplo%203%2E8%20do%20livro%20de%20Multivariada%20da%20Mingoti>| através > de email<R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20Re%3A%20%5BR_STAT%5D%20Modelagem%20do%20Exemplo%203%2E8%20do%20livro%20de%20Multivariada%20da%20Mingoti>| Responder > através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJydXZ1c2U4BF9TAzk3N…>| Adicionar > um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmZnVodTNzBF9TAzk3N…> > Mensagens neste tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/16052;_ylc=X3oDMTM3NXZxYjdt…>( > 2) > Atividade nos últimos dias: > > - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnN3Nvcm1nBF9TAz…> > 11 > > Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmcHRvYm40BF9TAzk3NDkwND…> > Não deixe de ir atrás da pessoa dos seus sonhos!<http://global.ard.yahoo.com/SIG=15mpbqt62/M=758712.14532720.14422460.129601…> > [image: Yahoo! Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlbXF0bHVxBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAz…> > Trocar para: SÃ³ Texto<R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar+Formato+de+Envio:+Tradicional>, > Resenha DiÃ¡ria<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio+de+email:+Resenha>• Sair > do grupo <R_STAT-unsubscribe(a)yahoogrupos.com.br?subject=Sair+do+grupo> • Termos > de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html> > . > > __,_._,___ > -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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dados desbalanceados
by rosanabarbosa＠inpa.gov.br 28 Abr '11

28 Abr '11

Boa noite, Estou trabalhando em uma pesquisa, onde os dados estão desbalaceados, ou seja, dentro das repetições existem muitas espécies que morreram e também existem repetições que não há nenhum indivíduo vivo,surgindo assim, os excessos de zeros. tem-se outras situações, como: ausência de normalidade e homogeneidade. Fiz a transformação pelo boxcox e também pelo raiz quadadra, ainda sim continuam com os mesmos problemas. Outra dúvida: qual a implicação de utilizar para anova "aov" para estes dados. espero respostas. grata, Rosana

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grafico_dados longitudinais
by Ayuni Sena 28 Abr '11

28 Abr '11

Boa Noite Pessoal, Estou precisando muito de uma ajuda com graficos... Tenho um conjunto de dados longitudinais desbalanceados, onde cada amostra foi medida duas ou tres vezes (dependendo da amostra) com intervalos de 1 a 2 anos entre as medições. Eu gostaria de plotar em um gráfico X1~X2, de modo que os pontos que correspondem a mesma unidade amostral, porem em tempos diferentes, possam ser ligados, unidos um ao outro, mostrando o que aconteceu com a unidade amostral de um ano pro outro (aumentou X1 em função do aumento de X2, por exemplo). Lembrando que nem X1 nem X2 correspondem a variavel tempo. Quero fazer algo semelhante a figura que esta disponivel no seguinte link: http://www.datafilehost.com/download-e7370438.html Alguem sabe como fazer isso no R? Abraços Ayuni

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Como diferenciar planos em um grafico 3D.
by Claudio Carneiro 28 Abr '11

28 Abr '11

Oi pessoal, Estou com um problema, eu tenho uma função que depende de duas variáveis. Estou com os pontos para vários planos, bastando plotar. Plotei usando a função scatter3dplot(). Porém agora eu gostaria de diferenciar as curvas feitas em cada plano( por exemplo na cor), como eu posso fazer isso? Qualquer ajuda será bem vinda. Obrigado

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grafico complexo...
by Ayuni Sena 28 Abr '11

28 Abr '11

Pessoal, lá vai mais uma mega duvida.... Eu preciso gerar um gráfico muito parecido com a figura disponivel no link: http://www.datafilehost.com/download-f1ba4ceb.html Existe apenas uma pequena diferença: No meu caso, o eixo Y é repesentado pela variável N o eixo X pela variavel D Foram ajustados os seguintes modelos: 1 - N~SSasymp(D) #Regressao assintotica do livro do Pinheiro e Bates (2000) - Mixed effect models 2 - D ~ b0*N^b1*hdc^b2 3 - V ~ b3*D^b4*hdc^b5*N^b6 A partir destes modelos, quero plotar no gráfico as isolinhas que correspondem a: 1 - 100%, 55%, 40% e 15% da curva N~SSasymp(Dq) - isso vai gerar apenas um deslocamento da curva para baixo, mantendo o mesmo comportamento. 2 - a partir do modelo 2, obtemos a seguinte equação: N = (D/(b0*hdc^b2))^(1/b1) e assim, quero plotar no grafico as isolinhas correspondente a hdc=5, hdc=10, hdc=15, hdc=20, e assim por diante... (existirá o mesmo paralelismo entre as isolinhas relatado no passo acima) 3 = a partir do modelo 3, obtemos a seguinte equação: N = (V/(b3*D^b4*hdc^b5))^(1/b6) e assim, quero plotar as isolinhas correspondentes a V=50, V=100, V=150, e assim por diante.... (existirá o mesmo paralelismo entre as isolinhas relatado no passo acima) os passos nº 1 e nº 2 eu consegui fazer com auxilio dos comandos "seq" e "lines", da seguinte forma: #passo 1: N100<-779.36+(26947.92)*(exp(-exp(-1.29)*D)) N55<-428.648+(14821.356)*(exp(-exp(-1.29)*D)) N40<-311.744+(10779.168)*(exp(-exp(-1.29)*D)) N15<-116.904+(4042.188)*(exp(-exp(-1.29)*D)) plot(D, N, xlab=" Dq (cm)", ylab="Número de plantas por hectare (N/ha)", ylim=c(0,5000)) lines(dq,n100,type="l", lty=1, lwd=1) lines(dq,n55,type="l", lty=2, lwd=1) lines(dq,n40,type="l", lty=1, lwd=1) lines(dq,n15,type="l", lty=2, lwd=1) #passo 2: b0=25.360699 b1=-0.303046 b2=0.51502 b3=0.0000377 b4=2.2286023 b5=0.7798658 b6=0.9907735 D<-seq(from=5.5, to=21, lenght.out=1061) hdc<-seq(from=7, to=31,5, lenght.out=1061) N1<-(D/(b0*15^b2))^(1/b1) N2<-(D/(b0*20^b2))^(1/b1) #etc etc etc plot(DQ, NHA, ylab="Densidade de plantas por hectare (N/ha)", xlab="Dq (cm)") lines(D, N1,type="l", lty=1, lwd=1) lines(D, N2,type="l", lty=1, lwd=1) #etc etc etc Com auxílio desta rotina eu nao consegui fazer o passo 3.... Alguem teria uma sugestão melhor???????????????????????????? Agradeço a atenção de todos! Ayuni

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Re: [R-br] regressão multivariada
by Ivan Bezerra Allaman 28 Abr '11

28 Abr '11

Oi Ayuni, Nos últimos dois meses, estou estudando um pouco sobre análise multivariada, e até onde eu entendi, a análise de correlação canônica é uma extensão da análise de regressão múltipla. Neste tipo de análise você têm um grupo de variáveis dependentes e outro grupo de variáveis independentes. Dê uma olhada na teoria, acho que é o que você procura. O bom pacote que achei para fazer estes tipos de análises e a "candisc". Baixe o pdf do pacote e veja como utilizar as funções. Outro pacote que gera gráficos ótimos nestes casos é o "heplot". Só para lembrar, a candisc trabalha com variáveis canônicas. Veja em qual caso ela se aplique, pois pode ser que a utilização de componentes principais seja mais apropriado. Você poderia fazer também: modelo <- lm(cbind(var1, var2, etc..) ~ x1 + x2 + etc...) summary(modelo) Dê uma olhada na MASS para estes tipos de utilização. Abraços. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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