Dezembro 2011 - R-br

Uso do ifelse
by Edson Lira 16 Dez '11

16 Dez '11

R-istas, estou com um problema no uso do ifelse (Elias, finalmente postei o CMR). Tenho dois problemas: 1. ao avaliar percentual de gordura em homens e mulheres, temos os seguintes parâmetros Para Homens 15|-20 = Limite normal 20|-25 = Moderadamente obeso 25|-30 = Excessivamente obeso 10|-14 = Gordura ideal 03 = Gordura essencial Para Mulheres 25|-30 = Limite normal 30|-35 = Moderadamente obeso 35|-40 = Excessivamente obeso 14|-18 = Gordura ideal 12 = Gordura essencial Como fazê-lo sem criar subcojunto de homens e mulheres usando o ifelse? No banco as variáveis são sexo e perc_g. 2. Foi medido a pressão sitólica e distólica de um grupo, tenho os seguintes parâmetros ( que me foram passados): sistólica diastólica categoria <130 <85 normal 130-139 85-89 normal limítrofe 140-159 90-99 estágio 1 160-179 100-109 estágio 2 >180 >110 estágio 3 >=210 >=120 estágio 4 <140 <90 hipert sist isolada Como fazê-lo usando o ifelse? No endereço abaixo postei uma parte do banco de dados e o scritp que tentei implementar, mas não conseGui rodá-lo. https://gist.github.com/1481221 OU git://gist.github.com/1481221.git []'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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ordenar banco de dados
by Luiz André Zardo 16 Dez '11

16 Dez '11

Prezados, Alguém poderia me indicar como fazer para obter ordenação de um banco de dados Por exemplo, Como ordenar um banco de dados por uma variável específica. Obrigado!!

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escalas em gráfico xyplot (lattice)
by Gustavo Marcatti 15 Dez '11

15 Dez '11

Pessoal, estou fazendo um gráfico de altura de uma planta em função de doses de N com a função xyplot. As doses são: 0, 120, 240, 360, 480, 600. Gostaria que o eixo x do gráfico viesse com as doses originais e não em uma sequência fixa (0, 100, 200, 300, 400, 500, 600) como o padrão. Alguem poderia ajudar Gustavo Marcatti Eng Florestal UFV

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Consumo de Memória
by Fernando Neto 15 Dez '11

15 Dez '11

Estou com um problema de mudança de variáveis (transformar de discreta em colunas binárias), mas o programa tá consumindo memoria demais. Estou no ubuntu 64 e o consumo é tanto que chega um momento que nem o mouse mexe mais. Existe algum jeito de solicitar ao R que chame o garbage collector? Muito grato, PS.: qnto isso, continuo aceitando ajudas no problema de transformacao das variáveis (ja tenho uma thread em meu nome com isso =T) -- ---------------------------------------------------------------- *Fernando Neto* Twitter: @fernandompneto Facebook: facebook.com/fernandompneto Tecnologia de Ponte http://tecnologiadeponte.blogspot.com ---------------------------------------------------------------- *fmpn2 @ CIn - UFPE* http://cin.ufpe.br/~fmpn2 - Engenharia da Computação - Turma 2009.2 - CIn, UFPE. - Monitor de Estatistica e Probabilidade Para Engenharia da Computacao<http://www.cin.ufpe.br/%7Eet586/> <http://cin.ufpe.br/%7Eif672cc> ---------------------------------------------------------------- Confidencialidade*: *A informação contida nesta mensagem de e-mail, incluindo quaisquer anexos, é confidencial e está reservada apenas à pessoa ou entidade para a qual foi endereçada. Se você não é o destinatário ou a pessoa responsável por encaminhar esta mensagem ao destinatário, você está, por meio desta, notificado que não deverá rever, retransmitir, imprimir, copiar, usar ou distribuir esta mensagem de e-mail ou quaisquer anexos. Caso você tenha recebido esta mensagem por engano, por favor, contate o remetente imediatamente e apague esta mensagem de seu computador ou de qualquer outro banco de dados. Muito obrigado. Confidentiality Notice: The information contained in this email message, including any attachment, is confidential and is intended only for the person or entity to which it is addressed. If you are neither the intended recipient nor the employee or agent responsible for delivering this message to the intended recipient, you are hereby notified that you may not review, retransmit, convert to hard copy, copy, use or distribute this email message or any attachments to it. If you have received this email in error, please contact the sender immediately and delete this message from any computer or other data bank. Thank you. --------

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[Dúvida] Como usar o Crontab com o R.
by Pedro Rafael 15 Dez '11

15 Dez '11

Pessoal como chamar um script em R utilizando a cada uma hora, por exemplo, usando os programas um crontab no Linux. As características do meu sistema e da versão do R estão abaixo: R version 2.14.0 (2011-10-31) Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=pt_BR [4] LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8 LC_MONETARY=pt_BR LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8 [7] LC_PAPER=C LC_NAME=C LC_ADDRESS=C [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=pt_BR LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base loaded via a namespace (and not attached): [1] tools_2.14.0 Eu consegui agendar tarefas para escrever um texto em um arquivo .txt. Não estou entendendo como chamar o R e executar um determinado script em uma data específica. Muito obrigado à todos desde já. -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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Re: [R-br] split-plot
by Fabiana Schneck 15 Dez '11

15 Dez '11

Oi Walmes, São 10 blocos, 5 deles em remansos e outros cinco em corredeiras. Em cada bloco existem dois plots colocados lado a lado, sendo um com exclusão elétrica e outro sem exclusão (ou seja, controle). Dentro de cada um desses dois plots existem substratos de acrílico lisos e rugosos. Preciso avaliar o efeito do habitat (remansos x corredeiras), o efeito da exclusão (exclusão x controle) e o efeito do tipo de substrato (liso x rugoso) levando em conta o design em spli-plot. Ficou mais claro? Obrigada, Fabiana Em 13 de dezembro de 2011 17:38, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br>escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. split-plot (Fabiana Schneck) > 2. Re: Transformar Variáveis discretas em Numeros Binários -> > Pre-processamento para Redes Neurais (Elias T. Krainski) > 3. Rotina order (Edson Lira) > 4. Re: Rotina order (Elias T. Krainski) > 5. Re: MQM (Elias T. Krainski) > 6. Re: Modificar valores de dataframe com base em outro > dataframe (Elias T. Krainski) > 7. Categorização de variáveis (Edson Lira) > 8. Re: Categorização de variáveis (Luis Iván Ortiz Valencia) > 9. Re: Categorização de variáveis (Cesar Rabak) > 10. Re: Categorização de variáveis (Elias T. Krainski) > 11. Re: Categorização de variáveis (Edson Lira) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Tue, 13 Dec 2011 12:25:13 -0200 > From: Fabiana Schneck <fabiana.schneck(a)gmail.com> > To: r-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] split-plot > Message-ID: > <CALjK-AcaG3AELQAOopMDZ1X7oFYOzNg4957pn3-3BG9J+t07oA(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset="windows-1252" > > Prezados colegas, > > tenho um experimento com o seguinte design split-plot: > > fator 'ambiente': 5 corredeiras e 5 remansos > em cada plot de 'ambiente' (num total de 10) há outro fator: 'peixes' com > dois tratamentos: exclusão e controle > ainda, dentro de cada sub-plot do fator 'peixes' existe o fator 'substrato' > com dois tratamentos: liso e rugoso. > > A variável resposta é quantidade de clorofila em cada unidade experimental > (cada substrato). > Um exemplo dos dados: > > > > clorofila > > ambiente > > peixes > > substrato > > bloco > > 0.114 > > 1 > > 1 > > 1 > > 1 > > 0.160 > > 1 > > 1 > > 2 > > 1 > > 0.126 > > 1 > > 2 > > 1 > > 1 > > 0.149 > > 1 > > 2 > > 2 > > 1 > > 0.068 > > 1 > > 1 > > 1 > > 2 > > 0.137 > > 1 > > 1 > > 2 > > 2 > > 0.080 > > 1 > > 2 > > 1 > > 2 > > 0.160 > > 1 > > 2 > > 2 > > 2 > .... > .... > > 0.080 > > 2 > > 1 > > 1 > > 10 > > 0.068 > > 2 > > 1 > > 2 > > 10 > > 0.114 > > 2 > > 2 > > 1 > > 10 > > 0.124 > > 2 > > 2 > > 2 > > 10 > > Considerei que os fatores 'peixes' e 'substrato' estão em blocos (10), > enquanto o fator 'ambiente' está acima dos blocos (5 blocos são no ambiente > corredeiras e 5 no ambiente remansos). > > Analise os dados utilizando dois modelos distintos: > > *aov (log(cloro)~(amb+peixes+substrato)^2+Error(bloco/peixes))* > * > * > > Error: bloco > > Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) > > amb 1 0.1162 0.11618 0.128 0.7297 > > Residuals 8 7.2599 0.90749 > > > > Error: bloco:peixes > > Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) > > peixes 1 2.96190 2.96190 14.6147 0.005069 ** > > amb:peixes 1 0.30121 0.30121 1.4862 0.257528 > > Residuals 8 1.62133 0.20267 > > --- > > Signif. codes: 0 ?***? 0.001 ?**? 0.01 ?*? 0.05 ?.? 0.1 ? ? 1 > > > > Error: Within > > Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) > > substrato 1 1.9924 1.99244 10.2620 0.005209 ** > > amb:substrato 1 0.0013 0.00134 0.0069 0.934840 > > peixes:substrato 1 0.5934 0.59335 3.0560 0.098473 . > > Residuals 17 3.3007 0.19416 > > > * > * > *lme(log(cloro)~(amb+peixes+**substrato)^2, random=~1|bloco/peixes))* > > Linear mixed-effects model fit by REML > Data: NULL > AIC BIC logLik > 85.58484 100.5499 -32.79242 > > Random effects: > Formula: ~1 | bloco > (Intercept) > StdDev: 0.4197679 > > Formula: ~1 | peixes %in% bloco > (Intercept) Residual > StdDev: 0.06522495 0.4406333 > > Fixed effects: log(cloro) ~ (amb + peixes + substrato)^2 > Value Std.Error DF t-value p-value > (Intercept) -2.4342471 0.2647064 17 -9.196027 0.0000 > amb2 -0.2929029 0.3611524 8 -0.811023 0.4408 > peixes2 0.6142687 0.2448449 8 2.508808 0.0364 > substrato2 0.6783940 0.2413448 17 2.810891 0.0120 > amb2:peixes2 0.3471056 0.2847218 8 1.219104 0.2575 > amb2:substrato2 0.0231237 0.2786810 17 0.082976 0.9348 > peixes2:substrato2 -0.4871762 0.2786810 17 -1.748150 0.0985 > Correlation: > (Intr) amb2 peixs2 sbstr2 amb2:p2 amb2:s2 > amb2 -0.682 > peixes2 -0.462 0.229 > substrato2 -0.456 0.223 0.329 > amb2:peixes2 0.269 -0.394 -0.581 0.000 > amb2:substrato2 0.263 -0.386 0.000 -0.577 0.000 > peixes2:substrato2 0.263 0.000 -0.569 -0.577 0.000 0.000 > > Standardized Within-Group Residuals: > Min Q1 Med Q3 Max > -2.42000225 -0.41789060 -0.02451742 0.44159262 1.87090777 > > Number of Observations: 40 > Number of Groups: > bloco peixes %in% bloco > 10 20 > > > > Tenho dúvidas se estou definindo de forma correta os modelos e também se > devo usar aov ou lme, uma vez que os resultados dos termos isolados diferem > entre as duas funções (porém os resultados são indênticos para as > interações). > > Desde já obrigada pela atenção, > > Fabiana > > -- > ----- > Fabiana Schneck > Programa de Pós-Graduação em Ecologia > Universidade Federal do Rio Grande do Sul > CP 15007 - CEP 91501-970 > Porto Alegre, RS, Brasil > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111213/6ca4ee6e/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Tue, 13 Dec 2011 06:30:03 -0800 (PST) > From: "Elias T. Krainski" <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Transformar Variáveis discretas em Numeros > Binários -> Pre-processamento para Redes Neurais > Message-ID: > <1323786603.22667.YahooMailNeo(a)web114716.mail.gq1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Fernando, talvez eu não tenha entendido exatamente o que você quer. Veja > dois exemplos, considerando as colunas 2 e 3 de 'warpbreaks' (disponivel no > 'datasets', como o 'iris'). > > > ### Considerando que um 'factor' é um inteiro, apenas retiramos os > 'levels', e vc pode manipular > ### Se ha 3 ou mais classes, o resultado nao é binário, é inteiro de 1 ao > número de classes > sapply(warpbreaks[,2:3], unclass) > sapply(warpbreaks[,2:3], unclass)-1 > > > ### converte em colunas binárias, como dummies em qualquer modelo regressão > > ### se há mais de duas classes, é criado mais de uma coluna > model.matrix(~wool + tension, warpbreaks)[,-1] > > > Att. > > Elias T. Krainski > > > >________________________________ > > De: Fernando Neto <fernandoneto7(a)gmail.com> > >Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >Enviadas: Segunda-feira, 12 de Dezembro de 2011 21:32 > >Assunto: [R-br] Transformar Variáveis discretas em Numeros Binários -> > Pre-processamento para Redes Neurais > > > > > >Boa noite, R-anos! > >Por favor, estou precisando ajustar os arquivos de uma base de dados para > processamento de uma RNA. > >Estou usando a função decodeClassLabels(...) mas a operacao tá ficando > muito custosa. > >Por exemplo > >__ > >Masculino Programador > >Masculino Médico > >Feminino Programador > >__ > >tem que ser > >__ > >0 1 0 1 > >1 0 1 0 > >__ > > > > > >Só que eu trato cada variável de cada vez. E acho que a operacao de > concatenacao que eu uso: > >cbind(...) tá tornando a operacao custosa (além de que a memória passa de > 2GB). > > > > > >PS.: eu faço o seguinte: > > > > > >for (i in (VETOR COM AS COLUNAS A SEREM TRANSFORMADAS)){ > > colAux = decodeClassLabels(vector[,i]) > > vector = vector [,-i] > > vector = cbind(vector, colAux) > >} > > > > > >Alguém sugere algo? > > > > > >Muito grato!!! > >Fernando > > > > > >-- > >---------------------------------------------------------------- > > > >Fernando Neto > >Twitter: @fernandompneto > >Facebook: facebook.com/fernandompneto > > > >Tecnologia de Ponte > >http://tecnologiadeponte.blogspot.com > >---------------------------------------------------------------- > >fmpn2 @ CIn - UFPE > >http://cin.ufpe.br/~fmpn2 > > > >- Engenharia da Computação - Turma 2009.2 - CIn, UFPE. > >- Monitor de Estatistica e Probabilidade Para Engenharia da Computacao > > > > > >---------------------------------------------------------------- > >Confidencialidade*: *A informação contida nesta mensagem de e-mail, > >incluindo quaisquer anexos, é confidencial e está reservada apenas à > pessoa ou entidade para a qual foi endereçada. Se você não é o destinatário > ou a pessoa responsável por encaminhar esta mensagem ao destinatário, você > está, por meio desta, notificado que não deverá rever, retransmitir, > imprimir, copiar, usar ou distribuir esta mensagem de e-mail ou quaisquer > anexos. Caso você tenha recebido esta mensagem por engano, por favor, > contate o remetente imediatamente e apague esta mensagem de seu computador > ou de qualquer outro banco de dados. Muito obrigado. > >Confidentiality Notice: The information contained in this email > message, including any attachment, is confidential and is intended only for > the person or entity to which it is addressed. If you are neither the > intended recipient nor the employee or agent responsible for delivering > this message to the intended recipient, you are hereby notified that you > may not review, retransmit, convert to hard copy, copy, use or distribute > this email message or any attachments to it. If you have received this > email in error, please contact the sender immediately and delete this > message from any computer or other data bank. Thank you. > > > >-------- > > > >_______________________________________________ > >R-br mailing list > >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111213/19fb4b33/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Tue, 13 Dec 2011 07:22:54 -0800 (PST) > From: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > To: R-br Lista <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Rotina order > Message-ID: > <1323789774.75434.YahooMailNeo(a)web160704.mail.bf1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Bom dia a todos! > > Com a rotina abaixo eu consigo ordenar a tabela. > > inap<-table(tip_doa$INAPTIDAO,tip_doa$mês) > inap2 = inap[order(rowSums(inap), decreasing=TRUE),] > ftable(addmargins(inap2, c(1,2), > FUN=list(Total = sum))) > > Que me dá a saida abaixo(as primeiras linhas) > > jan > fev mar abr mai jun jul ago set out nov Total > > ESTEVE EM ZONA DE MALARIA 465 > 443 387 362 343 347 343 385 550 397 409 4431 > HEMATOCRITO IRREGULAR 299 > 387 478 473 576 393 266 307 362 381 333 4255 > VARIAÇÃO DE PARCEIRO SEM PRESERVATIVO (MAIS DE 4 EM 12 MESES) 249 > 329 240 152 100 183 150 86 110 124 106 1829 > VARIAÇÃO DE PARCEIROS SEM PRESERVATIVO (MAIS DE 1 EM 6 MESES) 190 > 206 147 83 73 104 87 58 103 56 102 1209 > VARIAÇÃO DE PARCEIROS SEXUAIS SEM PRESERVATIVO 0 > 0 20 106 238 135 109 138 134 142 160 1182 > GRIPE 119 > 112 125 98 105 112 75 96 90 84 102 1118 > > Gostaria de acrescentar o ano e ordenar. Quando acrescento o ano me dá o > seguinte problema. > > > inap<-table(tip_doa$INAPTIDAO,tip_doa$ano,tip_doa$mês) > > inap2 = inap[order(rowSums(inap),decreasing=TRUE),] > Erro em inap[order(rowSums(inap), decreasing = TRUE), ] : > número incorreto de dimensões > > inap<-table(tip_doa$INAPTIDAO,tip_doa$ano,tip_doa$mês) > > inap2 = inap[order(rowSums(inap),decreasing=TRUE),] > Erro em inap[order(rowSums(inap), decreasing = TRUE), ] : > número incorreto de dimensões > > ftable(addmargins(inap2, c(1,2,3), > + FUN=list(Total = sum))) > Erro em newdimnames[[margin]] : índice fora de limites > > Qual o problema? Alguém pode me ajudar? > > []'s. > > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111213/d6d0f94c/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Tue, 13 Dec 2011 07:43:37 -0800 (PST) > From: "Elias T. Krainski" <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, Edson Lira > <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > Subject: Re: [R-br] Rotina order > Message-ID: > <1323791017.65689.YahooMailNeo(a)web114705.mail.gq1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Com > > inap <- table(tip_doa$INAPTIDAO,tip_doa$ano,tip_doa$mês) > 'inap' deixa de ter duas dimensões. Portanto, rowSums() é inadequado. > > > Elias T. Krainski > > > >________________________________ > > De: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > >Para: R-br Lista <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > >Enviadas: Terça-feira, 13 de Dezembro de 2011 13:22 > >Assunto: [R-br] Rotina order > > > > > >Bom dia a todos! > > > >Com a rotina abaixo eu consigo ordenar a tabela. > > > >inap<-table(tip_doa$INAPTIDAO,tip_doa$mês) > >inap2 = inap[order(rowSums(inap), decreasing=TRUE),] > >ftable(addmargins(inap2, c(1,2), > > FUN=list(Total = sum))) > > > >Que me dá a saida abaixo(as primeiras linhas) > > > > jan > fev mar abr mai jun jul ago set out nov Total > > > >ESTEVE EM ZONA DE MALARIA 465 > 443 387 362 343 347 343 385 550 397 409 4431 > >HEMATOCRITO IRREGULAR 299 > 387 478 473 576 393 266 307 362 381 333 4255 > >VARIAÇÃO DE PARCEIRO SEM PRESERVATIVO (MAIS DE 4 EM 12 MESES) 249 > 329 240 152 100 183 150 86 110 124 106 1829 > >VARIAÇÃO DE PARCEIROS SEM PRESERVATIVO (MAIS DE 1 EM 6 MESES) 190 > 206 147 83 73 104 87 58 103 56 102 1209 > >VARIAÇÃO DE PARCEIROS SEXUAIS SEM PRESERVATIVO 0 > 0 20 106 238 135 109 138 134 142 160 1182 > >GRIPE 119 > 112 125 98 105 112 75 96 90 84 102 1118 > > > >Gostaria de acrescentar o ano e ordenar. Quando acrescento o ano me dá o > seguinte problema. > > > >> > inap<-table(tip_doa$INAPTIDAO,tip_doa$ano,tip_doa$mês) > >> inap2 = inap[order(rowSums(inap),decreasing=TRUE),] > >Erro em inap[order(rowSums(inap), decreasing = TRUE), ] : > > número incorreto de dimensões > >> inap<-table(tip_doa$INAPTIDAO,tip_doa$ano,tip_doa$mês) > >> inap2 = inap[order(rowSums(inap),decreasing=TRUE),] > >Erro em inap[order(rowSums(inap), decreasing = TRUE), ] : > > número incorreto de dimensões > >> ftable(addmargins(inap2, c(1,2,3), > >+ FUN=list(Total = sum))) > >Erro em newdimnames[[margin]] : índice fora de limites > > > >Qual o problema? Alguém pode me ajudar? > > > > []'s. > > > > > >Edson Lira > >Estatístico > >Manaus-Amazonas > >_______________________________________________ > >R-br mailing list > >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111213/53dc517b/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 5 > Date: Tue, 13 Dec 2011 08:00:29 -0800 (PST) > From: "Elias T. Krainski" <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] MQM > Message-ID: > <1323792029.83765.YahooMailNeo(a)web114716.mail.gq1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Se em > > A b = x > A tem dimensão 3x3, então vc quer encontrar 6 valore. Para isso, vc tem 3 > valores em b e 3 valores em x. Isso é possível? No usual, quando vc quer > saber os 3 valores de b e conhece A e x, vc tem bem mais valores conhecidos > que desconhecidos. > > > ### Exemplo > > ### considerando o contexto de LM > n <- 5 > X <- cbind(1, runif(5)) > b <- c(10, 5) > y <- rnorm(n, X%*%b, 0.5) > > > ### estima b > (XX <- crossprod(X)) > (Xy <- crossprod(X, y)) > (bhat <- solve(XX, Xy)) > > ### com bhat e Xy podemos obter XX? > ### considere que > ### XX %*% bhat = Xy > ### para compatibilidade de operações seja > ### XX %*% (bhat %*% bhat') = Xy %*% bhat' > > require(Matrix) > bb <- forceSymmetric(tcrossprod(bhat)) > solve(bb, tcrossprod(Xy, bhat)) ## nao é igual a XX > > pode ser que este 'sistema' possua mais de uma solução... > > > Att. > > Elias T. Krainski > > > >________________________________ > > De: FHRB Toledo <fernandohtoledo(a)gmail.com> > >Para: R-Br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > >Enviadas: Domingo, 11 de Dezembro de 2011 12:07 > >Assunto: [R-br] MQM > > > > > >Senhores, > > > >Tenho uma dúvida que não necessáriamente se relaciona com o programa, mas > que em muito tem a ver com teoria estatística e algebra de matrizes, espero > que aqui ache pelo menos uma sugestão para a resposta ou uma recomendação > de literatura. > > > >O problema é dado o sistema de equações na forma matricial: Xb = y, pelo > MQM, dada a matriz X e o vetor y, obtenho o vetor de soluções por X^-1y, > respeitando todas as pressuposições. > > > >Se caso conheço ao invés de X e y, conheço os vetores b e y, existe > alguma forma de conhecer a matriz X, podendo apenas assegurar que ela é uma > matriz quadrada simétrica e positiva definida? > > > >att, > >FH > > > >_______________________________________________ > >R-br mailing list > >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111213/018859e7/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 6 > Date: Tue, 13 Dec 2011 08:06:38 -0800 (PST) > From: "Elias T. Krainski" <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Modificar valores de dataframe com base em outro > dataframe > Message-ID: > <1323792398.50539.YahooMailNeo(a)web114717.mail.gq1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > d1 <- data.frame(snp1=c("A","A","A","A","T"), snp2=c("A","G","G","A","G"), > > snp3=c("C","T","C","C","T"), > snp4=c("T","G","G","T","T")) > > > d2 <- data.frame(snp=paste("snp",1:4,sep=""), anc=c("A","G","C","T")) > > sapply(1:ncol(d1), function(i) > 1-(as.character(d1[,i])==as.character(d2[i,2]))) > > > Elias T. Krainski > > > >________________________________ > > De: João José de Simoni Gouveia <joao.gouveia(a)univasf.edu.br> > >Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >Enviadas: Sábado, 10 de Dezembro de 2011 22:21 > >Assunto: [R-br] Modificar valores de dataframe com base em outro dataframe > > > >Prezados, > > > >Possuo dois dataframes (nomeados aqui de 1 e 2). Preciso modificar os > valores do dataframe1 com base no dataframe2. > >Mais precisamente: > >Se os valores da coluna snp1 (dataframe1) forem iguais ao valor da linha > snp1 (dataframe2), preciso converter estes valores para 0 (zero), caso > contrário o valor deve ser convertido para 1 (um). > >Alguém tem alguma dica? > >Att > >JJ > >Abaixo uma ilustração do que eu tenho > >DataFrame 1 --> > > snp1 snp2 snp3 snp4 > >1 A A C T > >2 A G T G > >3 A G C G > >4 A A C T > >5 T G T T > > > >DataFrame 2 --> > > snp anc > >1 snp1 A > >2 snp2 G > >3 snp3 C > >4 snp4 T > > > >E o que eu preciso ter: > >Dataframe final --> > > snp1 snp2 snp3 snp4 > >1 0 1 0 0 > >2 0 0 1 1 > >3 0 0 0 1 > >4 0 1 0 0 > >5 1 0 1 0 > > > >-- > >============================================ > >João José de Simoni Gouveia > > >Médico Veterinário, Msc. > >Doutorando em Zootecnia - PDIZ (UFC/UFPB/UFRPE) > > >Professor Assistente I - Colegiado Acadêmico de Zootecnia > >Universidade Federal do Vale do São Francisco (UNIVASF) > > >---------------------------------------------------------------------------------------- > >Endereço: UNIVASF (Campus Ciências Agrárias) > >Rodovia BR 407, Km 12, Lote 543 > >Projeto de Irrigação Senador Nilo Coelho, s/nº-C1 > >Petrolina, PE - CEP 56.300-000 > > >Telefone: (87)3986-3800/3804-3801 > >Skype: joao_jose_de_simoni_gouveia > >E-mail alternativo: jjsgouveia(a)gmail.com > > >============================================ > >_______________________________________________ > >R-br mailing list > >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111213/7ca47fe5/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 7 > Date: Tue, 13 Dec 2011 09:54:57 -0800 (PST) > From: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > To: R-br Lista <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Categorização de variáveis > Message-ID: > <1323798897.47220.YahooMailNeo(a)web160703.mail.bf1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Boa tarde, caros r-istas, estou com alguns probleminhas na categorização > de variáveis. > > Tenho este banco. > pad pas sexo pg > 155 134 83 feminino 15 > 156 72 99 feminino 30 > 157 82 151 feminino 10 > 158 23 70 feminino 20 > 159 75 128 masculino 13 > 160 73 125 feminino 05 > 161 125 80 masculino 08 > 162 65 110 feminino 10 > 163 132 92 masculino 13 > 164 114 68 masculino 11 > 165 83 153 feminino 26 > 166 166 107 masculino 22 > 167 114 76 feminino 03 > > > > Preciso classificar da seguinte forma: > se pad<85 e pas<130 é normal > se 85<pad<89 e 130<pas<139 Normal limítrofe > e assim por diante. > > > > a outra classificação é a seguinte: > > Para homens o percentual de gordura > > entre 15 e 20 é normal > > entre 20 e 25 levemente obeso > entre 25 e 30 excessivamente obeso > entre 10 e 14 gordura ideal > 3 gordura essencial > > > > > > Para homens o percentual de gordura > > entre 25 e 30 é normal > > entre 30 e 35 levemente obeso > entre 35 e 40 excessivamente obeso > entre 14 e 18 gordura ideal > 12 gordura essencial > > > > > Como fazer estaS categorizações? > > []'s. > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111213/ddf3f837/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 8 > Date: Tue, 13 Dec 2011 15:58:43 -0200 > From: Luis Iván Ortiz Valencia <liov2067(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br, Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > Subject: Re: [R-br] Categorização de variáveis > Message-ID: > <CAJ+S-MHuH4RMQ35u092HTUwcCfMP3nqkR+WdzyouauFD9Yhhng(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > cut() > > Em 13 de dezembro de 2011 15:54, Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br > >escreveu: > > > Boa tarde, caros r-istas, estou com alguns probleminhas na categorização > > de variáveis. > > > > Tenho este banco. > > pad pas sexo pg > > 155 134 83 feminino 15 > > 156 72 99 feminino 30 > > 157 82 151 feminino 10 > > 158 23 70 feminino 20 > > 159 75 128 masculino 13 > > 160 73 125 feminino 05 > > 161 125 80 masculino 08 > > 162 65 110 feminino 10 > > 163 132 92 masculino 13 > > 164 114 68 masculino 11 > > 165 83 153 feminino 26 > > 166 166 107 masculino 22 > > 167 114 76 feminino 03 > > > > > > Preciso classificar da seguinte forma: > > se pad<85 e pas<130 é normal > > se 85<pad<89 e 130<pas<139 Normal limítrofe > > e assim por diante. > > > > > > a outra classificação é a seguinte: > > > > Para homens o percentual de gordura > > > > entre 15 e 20 é normal > > entre 20 e 25 levemente obeso > > entre 25 e 30 excessivamente obeso > > entre 10 e 14 gordura ideal > > 3 gordura essencial > > > > > > > > Para homens o percentual de gordura > > > > entre 25 e 30 é normal > > entre 30 e 35 levemente obeso > > entre 35 e 40 excessivamente obeso > > entre 14 e 18 gordura ideal > > 12 gordura essencial > > > > > > Como fazer estaS categorizações? > > > > []'s. > > > > Edson Lira > > Estatístico > > Manaus-Amazonas > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Luis Iván Ortiz Valencia > Doutorando Saúde Pública - Epidemiologia, IESC, UFRJ > Estatístico Msc. > Spatial Analyst Msc. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111213/2702a502/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 9 > Date: Tue, 13 Dec 2011 15:14:02 -0300 > From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Categorização de variáveis > Message-ID: <4EE795EA.6090407(a)gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed > > Edson, > > Use o pacote car e a função recode. > > Em 13/12/2011 14:54, Edson Lira escreveu: > > Boa tarde, caros r-istas, estou com alguns probleminhas na categorização > > de variáveis. > > > > Tenho este banco. > > pad pas sexo pg > > 155 134 83 feminino 15 > > 156 72 99 feminino 30 > > 157 82 151 feminino 10 > > 158 23 70 feminino 20 > > 159 75 128 masculino 13 > > 160 73 125 feminino 05 > > 161 125 80 masculino 08 > > 162 65 110 feminino 10 > > 163 132 92 masculino 13 > > 164 114 68 masculino 11 > > 165 83 153 feminino 26 > > 166 166 107 masculino 22 > > 167 114 76 feminino 03 > > > > > > Preciso classificar da seguinte forma: > > se pad<85 e pas<130 é normal > > se 85<pad<89 e 130<pas<139 Normal limítrofe > > e assim por diante. > > > > > > a outra classificação é a seguinte: > > > > Para homens o percentual de gordura > > > > entre 15 e 20 é normal > > entre 20 e 25 levemente obeso > > entre 25 e 30 excessivamente obeso > > entre 10 e 14 gordura ideal > > 3 gordura essencial > > > > > > > > Para homens o percentual de gordura > > > > entre 25 e 30 é normal > > entre 30 e 35 levemente obeso > > entre 35 e 40 excessivamente obeso > > entre 14 e 18 gordura ideal > > 12 gordura essencial > > > > > > Como fazer estaS categorizações? > > > > []'s. > > > > Edson Lira > > Estatístico > > Manaus-Amazonas > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > -- > Cesar Rabak > GNU/Linux User 52247. > Get counted: http://counter.li.org/ > > > ------------------------------ > > Message: 10 > Date: Tue, 13 Dec 2011 10:22:32 -0800 (PST) > From: "Elias T. Krainski" <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Categorização de variáveis > Message-ID: > <1323800552.38193.YahooMailNeo(a)web114707.mail.gq1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-1 > > > > se vc enviasse um CMR seria mais fácil... veja este exemplo > > n <- 10 > x1 <- rnorm(n) > > ### classificação considerando apenas uma variavel > f1 <- factor(findInterval(x1, c(-Inf, -0.5, 0.5, Inf), labels=c("Ruim", > "Médio", "Bom")) > > quando vc tem: > > se pad<85 e pas<130 é normal > >se 85<pad<89 e 130<pas<139 Normal limítrofe > o que deve ser se pad<85 mas pas>130 por exemplo? > > Att. > Elias T. Krainski > > > > >________________________________ > > De: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > >Para: R-br Lista <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > >Enviadas: Terça-feira, 13 de Dezembro de 2011 15:54 > >Assunto: [R-br] Categorização de variáveis > > > > > >Boa tarde, caros r-istas, estou com alguns probleminhas na categorização > de variáveis. > > > > > >Tenho este banco. > > pad pas sexo pg > >155 134 83 feminino 15 > >156 72 99 feminino 30 > >157 82 151 feminino 10 > >158 23 70 feminino 20 > >159 75 128 masculino 13 > >160 73 125 feminino 05 > >161 125 80 masculino 08 > >162 65 110 feminino 10 > >163 132 92 masculino 13 > >164 114 68 masculino 11 > >165 83 153 feminino 26 > >166 166 107 masculino 22 > >167 114 76 feminino 03 > > > > > > > > > >Preciso classificar da seguinte forma: > >se pad<85 e pas<130 é normal > >se 85<pad<89 e 130<pas<139 Normal limítrofe > >e assim por diante. > > > > > > > > > >a outra classificação é a seguinte: > > > > > >Para homens o percentual de gordura > > > > > >entre 15 e 20 é normal > > > >entre 20 e 25 levemente obeso > >entre 25 e 30 excessivamente obeso > >entre 10 e 14 gordura ideal > > 3 gordura essencial > > > > > > > > > > > > > > > >Para homens o percentual de gordura > > > > > >entre 25 e 30 é normal > > > >entre 30 e 35 levemente obeso > >entre 35 e 40 excessivamente obeso > >entre 14 e 18 gordura ideal > > 12 gordura essencial > > > > > > > > > > > >Como fazer estaS categorizações? > > > > > >[]'s. > > > > > >Edson Lira > >Estatístico > >Manaus-Amazonas > >_______________________________________________ > >R-br mailing list > >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > > > ------------------------------ > > Message: 11 > Date: Tue, 13 Dec 2011 15:37:02 -0400 > From: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, "Elias T. > Krainski" <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> > Subject: Re: [R-br] Categorização de variáveis > Message-ID: <63652F35-F09C-4C24-8D38-0F462C8DBBF2(a)yahoo.com.br> > Content-Type: text/plain; charset=utf-8 > > O problema é que você tem duas variáveis, pas é pressão sistólica > e pad é pressão diastólica. Se pas é menor que 130 e pad é menor que 180 > o paciente é considerado normal e assim por diante. > [].s > Edson Lira > Estatístico > Ma-Am > > Em 13/12/2011, às 14:22, "Elias T. Krainski" <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> > escreveu: > > > > > > > se vc enviasse um CMR seria mais fácil... veja este exemplo > > > > n <- 10 > > x1 <- rnorm(n) > > > > ### classificação considerando apenas uma variavel > > f1 <- factor(findInterval(x1, c(-Inf, -0.5, 0.5, Inf), labels=c("Ruim", > "Médio", "Bom")) > > > > quando vc tem: > > > > se pad<85 e pas<130 é normal > > >se 85<pad<89 e 130<pas<139 Normal limítrofe > > o que deve ser se pad<85 mas pas>130 por exemplo? > > > > Att. > > Elias T. Krainski > > > > > > > >> ________________________________ > >> De: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > >> Para: R-br Lista <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > >> Enviadas: Terça-feira, 13 de Dezembro de 2011 15:54 > >> Assunto: [R-br] Categorização de variáveis > >> > >> > >> Boa tarde, caros r-istas, estou com alguns probleminhas na > categorização de variáveis. > >> > >> > >> Tenho este banco. > >> pad pas sexo pg > >> 155 134 83 feminino 15 > >> 156 72 99 feminino 30 > >> 157 82 151 feminino 10 > >> 158 23 70 feminino 20 > >> 159 75 128 masculino 13 > >> 160 73 125 feminino 05 > >> 161 125 80 masculino 08 > >> 162 65 110 feminino 10 > >> 163 132 92 masculino 13 > >> 164 114 68 masculino 11 > >> 165 83 153 feminino 26 > >> 166 166 107 masculino 22 > >> 167 114 76 feminino 03 > >> > >> > >> > >> > >> Preciso classificar da seguinte forma: > >> se pad<85 e pas<130 é normal > >> se 85<pad<89 e 130<pas<139 Normal limítrofe > >> e assim por diante. > >> > >> > >> > >> > >> a outra classificação é a seguinte: > >> > >> > >> Para homens o percentual de gordura > >> > >> > >> entre 15 e 20 é normal > >> > >> entre 20 e 25 levemente obeso > >> entre 25 e 30 excessivamente obeso > >> entre 10 e 14 gordura ideal > >> 3 gordura essencial > >> > >> > >> > >> > >> > >> > >> > >> Para homens o percentual de gordura > >> > >> > >> entre 25 e 30 é normal > >> > >> entre 30 e 35 levemente obeso > >> entre 35 e 40 excessivamente obeso > >> entre 14 e 18 gordura ideal > >> 12 gordura essencial > >> > >> > >> > >> > >> > >> Como fazer estaS categorizações? > >> > >> > >> []'s. > >> > >> > >> Edson Lira > >> Estatístico > >> Manaus-Amazonas > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > >> > >> > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > ------------------------------ > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > Fim da Digest R-br, volume 10, assunto 19 > ***************************************** > -- ----- Fabiana Schneck Programa de Pós-Graduação em Ecologia Universidade Federal do Rio Grande do Sul CP 15007 - CEP 91501-970 Porto Alegre, RS, Brasil

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Transformar Variáveis discretas em Numeros Binários -> Pre-processamento para Redes Neurais
by Fernando Neto 14 Dez '11

14 Dez '11

Boa noite, R-anos! Por favor, estou precisando ajustar os arquivos de uma base de dados para processamento de uma RNA. Estou usando a função decodeClassLabels(...) mas a operacao tá ficando muito custosa. Por exemplo __ Masculino Programador Masculino Médico Feminino Programador __ tem que ser __ 0 1 0 1 1 0 1 0 __ Só que eu trato cada variável de cada vez. E acho que a operacao de concatenacao que eu uso: cbind(...) tá tornando a operacao custosa (além de que a memória passa de 2GB). PS.: eu faço o seguinte: *for (i in (VETOR COM AS COLUNAS A SEREM TRANSFORMADAS)){* * colAux = decodeClassLabels(vector[,i])* * vector = vector [,-i]* * vector = cbind(vector, colAux) * *} * Alguém sugere algo? Muito grato!!! Fernando -- ---------------------------------------------------------------- *Fernando Neto* Twitter: @fernandompneto Facebook: facebook.com/fernandompneto Tecnologia de Ponte http://tecnologiadeponte.blogspot.com ---------------------------------------------------------------- *fmpn2 @ CIn - UFPE* http://cin.ufpe.br/~fmpn2 - Engenharia da Computação - Turma 2009.2 - CIn, UFPE. - Monitor de Estatistica e Probabilidade Para Engenharia da Computacao<http://www.cin.ufpe.br/%7Eet586/> <http://cin.ufpe.br/%7Eif672cc> ---------------------------------------------------------------- Confidencialidade*: *A informação contida nesta mensagem de e-mail, incluindo quaisquer anexos, é confidencial e está reservada apenas à pessoa ou entidade para a qual foi endereçada. Se você não é o destinatário ou a pessoa responsável por encaminhar esta mensagem ao destinatário, você está, por meio desta, notificado que não deverá rever, retransmitir, imprimir, copiar, usar ou distribuir esta mensagem de e-mail ou quaisquer anexos. Caso você tenha recebido esta mensagem por engano, por favor, contate o remetente imediatamente e apague esta mensagem de seu computador ou de qualquer outro banco de dados. Muito obrigado. Confidentiality Notice: The information contained in this email message, including any attachment, is confidential and is intended only for the person or entity to which it is addressed. If you are neither the intended recipient nor the employee or agent responsible for delivering this message to the intended recipient, you are hereby notified that you may not review, retransmit, convert to hard copy, copy, use or distribute this email message or any attachments to it. If you have received this email in error, please contact the sender immediately and delete this message from any computer or other data bank. Thank you. --------

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split-plot
by Fabiana Schneck 14 Dez '11

14 Dez '11

Prezados colegas, tenho um experimento com o seguinte design split-plot: fator 'ambiente': 5 corredeiras e 5 remansos em cada plot de 'ambiente' (num total de 10) há outro fator: 'peixes' com dois tratamentos: exclusão e controle ainda, dentro de cada sub-plot do fator 'peixes' existe o fator 'substrato' com dois tratamentos: liso e rugoso. A variável resposta é quantidade de clorofila em cada unidade experimental (cada substrato). Um exemplo dos dados: clorofila ambiente peixes substrato bloco 0.114 1 1 1 1 0.160 1 1 2 1 0.126 1 2 1 1 0.149 1 2 2 1 0.068 1 1 1 2 0.137 1 1 2 2 0.080 1 2 1 2 0.160 1 2 2 2 .... .... 0.080 2 1 1 10 0.068 2 1 2 10 0.114 2 2 1 10 0.124 2 2 2 10 Considerei que os fatores 'peixes' e 'substrato' estão em blocos (10), enquanto o fator 'ambiente' está acima dos blocos (5 blocos são no ambiente corredeiras e 5 no ambiente remansos). Analise os dados utilizando dois modelos distintos: *aov (log(cloro)~(amb+peixes+substrato)^2+Error(bloco/peixes))* * * Error: bloco Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) amb 1 0.1162 0.11618 0.128 0.7297 Residuals 8 7.2599 0.90749 Error: bloco:peixes Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) peixes 1 2.96190 2.96190 14.6147 0.005069 ** amb:peixes 1 0.30121 0.30121 1.4862 0.257528 Residuals 8 1.62133 0.20267 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Error: Within Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) substrato 1 1.9924 1.99244 10.2620 0.005209 ** amb:substrato 1 0.0013 0.00134 0.0069 0.934840 peixes:substrato 1 0.5934 0.59335 3.0560 0.098473 . Residuals 17 3.3007 0.19416 * * *lme(log(cloro)~(amb+peixes+**substrato)^2, random=~1|bloco/peixes))* Linear mixed-effects model fit by REML Data: NULL AIC BIC logLik 85.58484 100.5499 -32.79242 Random effects: Formula: ~1 | bloco (Intercept) StdDev: 0.4197679 Formula: ~1 | peixes %in% bloco (Intercept) Residual StdDev: 0.06522495 0.4406333 Fixed effects: log(cloro) ~ (amb + peixes + substrato)^2 Value Std.Error DF t-value p-value (Intercept) -2.4342471 0.2647064 17 -9.196027 0.0000 amb2 -0.2929029 0.3611524 8 -0.811023 0.4408 peixes2 0.6142687 0.2448449 8 2.508808 0.0364 substrato2 0.6783940 0.2413448 17 2.810891 0.0120 amb2:peixes2 0.3471056 0.2847218 8 1.219104 0.2575 amb2:substrato2 0.0231237 0.2786810 17 0.082976 0.9348 peixes2:substrato2 -0.4871762 0.2786810 17 -1.748150 0.0985 Correlation: (Intr) amb2 peixs2 sbstr2 amb2:p2 amb2:s2 amb2 -0.682 peixes2 -0.462 0.229 substrato2 -0.456 0.223 0.329 amb2:peixes2 0.269 -0.394 -0.581 0.000 amb2:substrato2 0.263 -0.386 0.000 -0.577 0.000 peixes2:substrato2 0.263 0.000 -0.569 -0.577 0.000 0.000 Standardized Within-Group Residuals: Min Q1 Med Q3 Max -2.42000225 -0.41789060 -0.02451742 0.44159262 1.87090777 Number of Observations: 40 Number of Groups: bloco peixes %in% bloco 10 20 Tenho dúvidas se estou definindo de forma correta os modelos e também se devo usar aov ou lme, uma vez que os resultados dos termos isolados diferem entre as duas funções (porém os resultados são indênticos para as interações). Desde já obrigada pela atenção, Fabiana -- ----- Fabiana Schneck Programa de Pós-Graduação em Ecologia Universidade Federal do Rio Grande do Sul CP 15007 - CEP 91501-970 Porto Alegre, RS, Brasil

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Módulo minguante em acf para série periódica
by Alexandre Castagna 14 Dez '11

14 Dez '11

Caros, Estudando séries temporais me deparei com a seguinte questão. Ao gerar um série periódica como por exemplo: a = rep(c(1,-1),50) esperava que a função de autocorrelação refletisse correlação 1 a cada dois lags temporais e -1 a cada lag temporal uma vez que a = {1, -1, 1, -1, 1, -1, 1, -1,...}, porém a função de autocorrelação do R me retorna correlações cujo módulo reduz com o aumento do lag: b = acf(a) onde b = {1.00, -0.99, 0.98, -0.97, 0.96, -0.95, 0.94, -0.93, 0.92, -0.91, ...} Alguém pode explicar porque? Obrigado, -- Alexandre Castagna Mourão e Lima Laboratório de Radioecologia e Mudanças Globais - UERJ Rua São Francisco Xavier, 524, Maracanã Pav. Haroldo Lisboa da Cunha, Sub-solo

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MCMCglmm - Contraste
by Eder David Borges da Silva 14 Dez '11

14 Dez '11

Bom pessoal , Venho mais uma vez discutir uma duvida computacional e teorica. imaginem o seguinte modelo: require(MCMCglmm) dados <- expand.grid(LOCAL=factor(1:2), TRAT1=factor(1:2), TRAT2=LETTERS[1:4], DATA=factor(1:10), REP=1:3) head(dados) dados$RESP <- rpois(nrow(dados),5) model<-MCMCglmm(RESP~LOCAL/TRAT1/TRAT2, random=~DATA,family='poisson', data=dados, verbose=FALSE) summary(model) Dentro deste modelo meu interesse principal é o TRAT2 (4 níveis), pelo resultado mostrado a matriz de efeitos fixos X é montada contrastando os níveis B C e D com A, porem gostaria de outros constastes como por exemplo : ## Contraste (LOCAL1:TRAT11:TRAT2B) - (LOCAL1:TRAT11:TRAT2C) se tivesse a posteriori direta apenas de B e C bastaria fazer apenas uma menos a outra porem como tenho ela B-A e C-A, eu creio não poder fazer isso, ou estou equivocado? Uma das opções que tentei foi mudar o data.frame(dados) alterando a ordem de TRAT2 esperando que mudasse a configuração dos contraste mais isso não aconteceu, ou fiz errado, desta forma alguém tem uma dica de como mudar este matriz para que eu obtenhas os outros contrastes desejados? Ate mais Éder

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